藿香正气水的禁忌人群包括对藿香正气水成分过敏者、酒精过敏者、孕妇、哺乳期妇女、儿童（尤其婴幼儿）、高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，以及正在服用头孢类、甲硝唑等药物的人群。
对藿香正气水成分过敏者：藿香正气水含有藿香、紫苏、白芷、陈皮等多种中药成分，部分人群可能对其中某一种或多种成分过敏，服用后可能出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏反应，严重时可危及生命，因此此类人群严禁使用。
酒精过敏者：藿香正气水含有40%~50%乙醇（酒精），酒精过敏者饮用后会引发面部潮红、心慌、恶心、呕吐等症状，甚至可能出现过敏性休克，必须严格禁用。
孕妇及哺乳期妇女：藿香正气水中的某些成分可能对胎儿或婴儿产生不良影响，孕妇服用可能增加流产或胎儿发育异常风险，哺乳期妇女服用后酒精可通过乳汁影响婴儿健康，故不建议使用。
儿童（尤其婴幼儿）：婴幼儿肝肾功能尚未发育完全，藿香正气水中的酒精和中药成分可能加重肝肾负担，且儿童对药物耐受性差，易引发不良反应，应避免使用。
慢性病严重患者：高血压、心脏病患者服用后可能因药物成分刺激血管或心脏，导致血压升高、心率异常；糖尿病患者服用含糖剂型可能影响血糖控制；肝病、肾病患者则可能因药物代谢障碍加重脏器损伤，需遵医嘱或避免使用。
正在服用头孢类/甲硝唑等药物者：藿香正气水中的酒精与头孢类抗生素、甲硝唑等药物同服，会引发双硫仑样反应，表现为头晕、恶心、呕吐、心悸甚至休克，严重威胁生命安全，需间隔至少3天以上再使用。
