长期吃共轭亚油酸可能引发胃肠道不适如恶心呕吐腹泻等尤其胃肠道功能较弱人群风险更高；可能对肝脏造成一定负担尤其本身有肝脏基础疾病人群；可能对内分泌系统产生潜在干扰尤其内分泌相关疾病人群和生长发育阶段的儿童青少年；目前有初步研究提示可能对神经系统有一定潜在影响尤其有神经系统基础疾病人群和一般人群出现神经系统异常感觉时需考虑。
长期吃共轭亚油酸可能引发胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等。有研究表明，部分人群在摄入共轭亚油酸后，胃肠道黏膜受到刺激，影响正常的消化吸收功能，导致胃肠道出现一系列不适反应。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，这种胃肠道不适的风险可能更高，因为他们的胃肠道黏膜更易受到外来物质的刺激。
肝脏负担相关影响
长期摄入共轭亚油酸可能对肝脏造成一定负担。肝脏是人体重要的代谢器官，共轭亚油酸需要经过肝脏的代谢过程来进行处理。有动物实验显示，长期给予高剂量共轭亚油酸可能会引起肝脏细胞的一些代谢变化，虽然目前人体研究相对有限，但从代谢角度推测，长期大量摄入可能增加肝脏代谢的压力，对于本身有肝脏基础疾病的人群，如肝炎患者等，可能会进一步影响肝脏的正常功能。
对内分泌系统的潜在干扰
共轭亚油酸可能对内分泌系统产生潜在干扰。它可能影响一些激素的分泌和调节，例如有研究发现其可能对胰岛素的敏感性产生一定作用。对于糖尿病患者等内分泌相关疾病人群，这种对内分泌系统的干扰可能会影响病情的控制。另外，对于处于生长发育阶段的儿童和青少年，内分泌系统尚未完全稳定，长期摄入共轭亚油酸可能会对其正常的内分泌调节产生未知的影响，需要谨慎考虑。
对神经系统的可能影响
目前有初步研究提示，长期吃共轭亚油酸可能对神经系统有一定潜在影响，但相关证据还需进一步完善。从神经递质代谢等方面推测，可能会干扰神经系统的正常功能平衡。对于有神经系统基础疾病的人群，如癫痫患者等，这种潜在影响可能会增加病情波动的风险。而对于一般人群，长期摄入后如果出现神经系统相关的异常感觉，如头痛、头晕等，也需要考虑是否与共轭亚油酸的长期摄入有关。
