有机磷中毒因有机磷农药抑制胆碱酯酶活性致乙酰胆碱积聚出现多样临床表现，早期有头晕头痛等，随病情进展有肌纤维颤动等；需与氨基甲酸酯类农药中毒、毒蕈中毒等毒蕈碱样中毒疾病，拟除虫菊酯类农药中毒、全身性疾病导致的肌束震颤等烟碱样中毒疾病，脑卒中、脑炎等中枢神经系统症状疾病鉴别，儿童中毒需谨慎，老年患者要全面评估避免漏诊误诊。
与其他毒蕈碱样中毒疾病鉴别
氨基甲酸酯类农药中毒：与有机磷中毒机制相似，但中毒后胆碱酯酶活性抑制程度相对较轻，恢复较快。其临床表现与有机磷中毒类似，但病情通常相对较轻，且有接触氨基甲酸酯类农药史可辅助鉴别。例如，接触西维因等氨基甲酸酯类农药后出现类似毒蕈碱样症状时，需考虑鉴别。
毒蕈中毒：某些毒蕈中毒也可出现毒蕈碱样症状，如流涎、多汗、瞳孔缩小等。但毒蕈中毒多有食用野生毒蕈史，且除毒蕈碱样症状外，常伴有胃肠道症状如腹痛、腹泻等，且有其独特的消化系统外表现，可与有机磷中毒鉴别。
与烟碱样中毒疾病鉴别
拟除虫菊酯类农药中毒：可出现肌束震颤等烟碱样症状，但一般无瞳孔缩小及胆碱酯酶活性明显抑制。患者有接触拟除虫菊酯类农药史，临床表现以皮肤和眼部刺激症状及中枢神经系统症状为主，如皮肤瘙痒、烧灼感、头痛、头晕等，可与有机磷中毒鉴别。
全身性疾病导致的肌束震颤：某些全身性疾病如低钙血症等也可引起肌束震颤，但无有机磷中毒的毒蕈碱样症状及胆碱酯酶活性改变。通过血清钙检测等可鉴别低钙血症导致的肌束震颤，而有机磷中毒有胆碱酯酶活性降低等特异性改变。
与中枢神经系统症状疾病鉴别
脑卒中：急性脑卒中可出现头痛、意识障碍等中枢神经系统症状，但无有机磷中毒的毒蕈碱样及烟碱样症状，且头颅CT等影像学检查可发现脑部病灶，而有机磷中毒患者头颅CT无相应改变，可通过影像学及临床表现鉴别。
脑炎：脑炎可引起头痛、呕吐、意识障碍等中枢神经系统症状，但无有机磷中毒的特殊毒蕈碱样及烟碱样表现，且脑脊液检查等可发现脑炎的特异性改变，如脑脊液细胞数增多等，而有机磷中毒脑脊液无此改变，可用于鉴别。
对于儿童有机磷中毒鉴别诊断需更加谨慎，儿童对有机磷农药更敏感，临床表现可能不典型，需仔细询问接触史，结合详细的体格检查及相关实验室检查，如胆碱酯酶活性测定等综合判断。对于老年患者，需注意其基础疾病可能影响临床表现的判断，要全面评估，避免漏诊误诊。
