原发性肾病综合征最常见的并发症是感染，尤其是在激素治疗期间及免疫功能低下人群中风险更高，可发生于呼吸道、泌尿道等部位，严重时可能引发败血症。
感染
感染是原发性肾病综合征最常见并发症，因大量蛋白尿导致免疫球蛋白丢失、激素及免疫抑制剂使用抑制免疫功能，使患者易受细菌、病毒等病原体侵袭。常见感染部位包括呼吸道（如肺炎）、泌尿道（如尿路感染）及皮肤（如疖肿），老年患者、儿童及合并糖尿病者感染风险更高，感染可能加重病情或诱发肾病综合征复发。
血栓栓塞
肾病综合征患者血液高凝状态（血浆白蛋白降低致凝血因子相对增多、血小板功能异常等）易引发血栓栓塞，以肾静脉血栓最常见，其次为下肢深静脉血栓、肺栓塞等。血栓栓塞可能导致肾功能恶化、肺功能受损，甚至危及生命，长期卧床、高龄、肥胖患者及使用利尿剂治疗者风险增加。
急性肾损伤
因有效循环血容量不足（大量蛋白尿致血浆渗透压降低、利尿剂使用不当等）、肾间质水肿或药物毒性等因素，患者可能出现急性肾损伤。表现为少尿或无尿、血肌酐快速升高，需及时干预，糖尿病肾病合并肾病综合征者及合并肝肾综合征患者风险较高。
营养不良与电解质紊乱
长期低蛋白饮食及蛋白尿导致蛋白质丢失，患者易出现营养不良，表现为消瘦、贫血、低蛋白血症等。同时，肾脏排钾、排钙功能异常及利尿剂使用可能引发低钾血症、低钙血症等电解质紊乱，儿童患者因生长发育需求，营养不良风险更高，需加强营养监测与干预。
