肾病综合征预后因分型而异，原发性中儿童微小病变型部分可临床缓解但有复发可能，成人及非微小病变型较难根治；继发性由感染等可逆因素引起的去除诱因可能缓解，由糖尿病肾病等慢性基础疾病继发的较难根治需长期管理；遗传性尚无根治手段，主要靠对症治疗控制。
原发性肾病综合征中，儿童时期的微小病变型肾病有一定自愈倾向，但成人患者及非微小病变型的原发性肾病综合征较难完全根治。例如，儿童微小病变型肾病约80%~90%对糖皮质激素治疗敏感，经规范治疗后部分可临床缓解，但仍有复发可能；而成人原发性肾病综合征常需长期应用糖皮质激素联合免疫抑制剂等治疗，病情易反复，难以达到完全根治且不复发的状态。
继发性肾病综合征
继发性肾病综合征的预后取决于基础疾病。若由感染、药物、过敏等可逆因素引起，在有效去除诱因并规范治疗后，肾病综合征有可能缓解甚至临床治愈，如因感染导致的肾病综合征，控制感染后病情可能好转；但若是由糖尿病肾病、系统性红斑狼疮性肾炎等慢性基础疾病继发的肾病综合征，则较难根治，病情会随基础疾病的进展而波动，需长期管理以延缓肾功能恶化。
遗传性肾病综合征
遗传性肾病综合征目前尚无根治手段。这类疾病由遗传基因突变导致，如Alport综合征等，主要通过对症治疗来控制蛋白尿、延缓肾功能进展，无法从根本上纠正基因缺陷以实现根治。
总体而言，肾病综合征能否根治因不同分型而异，部分类型经规范治疗可获得临床缓解但存在复发可能，部分类型难以完全根治，需长期关注病情变化并进行个体化管理。
