天生黑眼圈由多种因素导致，遗传使个体易携带相关基因致眼部周围色素沉着与血管分布异常；眼部结构中眼窝深浅、血管分布特点会影响黑眼圈呈现；色素沉着相关的黑色素细胞活性、皮肤厚度和透明度也与之相关；年龄和发育因素在儿童时期也会造成类似天生黑眼圈的情况。
眼部结构因素
眼窝结构：有些人天生眼窝较深，这会使得眼部周围的皮肤形成相对较深的阴影，从外观上看类似黑眼圈。眼窝的深度差异是由遗传等因素决定的解剖结构差异，眼窝较深的人，光线照射在眼部时，眼部周围的凹陷部分会形成更明显的明暗对比，让黑眼圈的视觉效果更加显著。
血管分布：眼部周围的血管分布特点也可能导致天生黑眼圈。如果眼部周围的血管位置较为表浅或者血管丰富，那么血液的颜色可能会更明显地透过皮肤显现出来，从而呈现出类似黑眼圈的外观。比如，部分人眼部周围的皮下血管比较清晰可见，使得眼部周围呈现出暗色，给人一种有黑眼圈的印象。
色素沉着相关因素
黑色素细胞活性：天生黑眼圈可能与眼部皮肤中的黑色素细胞活性有关。即使没有受到紫外线等外界因素过度刺激，部分人的黑色素细胞就处于相对活跃的状态，不断产生黑色素，导致眼部皮肤色素沉着增加，形成黑眼圈。这是由个体自身的生理特性决定的，黑色素细胞的活性受基因等多种因素调控。
皮肤厚度和透明度：眼部皮肤相对较薄且透明度较高也是一个因素。较薄的皮肤使得皮下的血管、色素等更容易被观察到，当存在一些正常的生理色素分布或者血管情况时，就会更容易显现出类似黑眼圈的表现。如果眼部皮肤较厚且不透明，可能就不会那么明显地呈现出黑眼圈的外观。
年龄和发育因素
在儿童时期，由于眼部周围的皮肤、血管等结构还在不断发育中，一些孩子可能会因为眼部周围组织的发育特点而表现出类似天生黑眼圈的情况。随着年龄的增长，部分人的这种情况可能会有所变化，但也有一些人会一直保持天生黑眼圈的状态。例如，新生儿可能会因为眼部周围血液循环等生理过程的特点，出现眼部周围颜色较深的情况，这也属于天生因素导致的类似黑眼圈的表现，随着婴儿的成长，部分情况可能会逐渐改善，但也有一些会持续存在成为天生黑眼圈的一种表现。
