人得肛门疣主要是因感染人乳头瘤病毒（HPV），尤其是低危型HPV（如HPV6、11型），病毒通过皮肤黏膜微小破损侵入上皮细胞，导致上皮增生形成疣状病变。
传播途径直接相关：主要通过性接触传播，包括同性和异性性行为，皮肤黏膜直接接触是主要感染方式。间接接触（如共用毛巾、内衣等）也可能传播，尤其在潮湿环境下病毒可存活数小时至数天。
性活跃人群风险更高：性伴侣数量多、初次性行为年龄小于18岁、有多个性伴侣者感染风险显著增加。性接触时未正确使用安全套会进一步提升感染概率，因安全套可减少皮肤黏膜直接接触。
免疫状态影响感染进程：免疫功能正常者多数可在数月至2年内自行清除病毒，仅少数发展为肛门疣。免疫功能低下者（如HIV感染者、长期使用免疫抑制剂者）病毒清除能力下降，疣更易持续存在或复发。
生活方式与环境因素：长期吸烟、酗酒会削弱免疫系统，增加HPV感染及疣复发风险。长期处于精神压力大、睡眠不足状态时，免疫功能受影响，也可能间接促进病毒感染。
合并感染情况增加复杂性：肛门疣常与其他性传播疾病（如淋病、梅毒）合并存在，这些感染会破坏局部黏膜屏障，使HPV更易入侵。此外，合并HPV高危型感染（如HPV16、18型）可能增加病变进展风险。
特殊人群需加强防护：孕妇因孕期激素变化可能促进HPV复制，疣生长速度加快，分娩后多数可自行缓解，但需注意避免传染新生儿。婴幼儿感染多因家庭密切接触（如共用玩具、毛巾）或母婴传播（分娩时接触产道分泌物），需避免共用个人物品，加强环境清洁。
