扁平疣主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，以HPV-3型常见，HPV通过皮肤黏膜微小破损入细胞致异常增殖发病。皮肤屏障功能受损易感染，青少年儿童因皮肤屏障未熟易患，不良生活方式也增风险；自身免疫力状况影响发病，免疫功能低下人群及孕妇易感染，孕妇患病需谨慎防自身接种传播。
皮肤屏障功能受损易感染
年龄因素：青少年和儿童相对更容易患上扁平疣，这与他们的皮肤屏障功能尚未完全发育成熟有关。儿童的皮肤比较娇嫩，对外界病毒的抵御能力较弱，当皮肤出现微小擦伤等情况时，就更容易让HPV侵入。例如，儿童在玩耍过程中，皮肤容易受到摩擦等损伤，为HPV的感染创造了条件。
生活方式：一些不良的生活方式也可能增加感染风险。比如，不注意个人卫生，与扁平疣患者共用毛巾、脸盆等个人物品，就有可能接触到病毒而被感染。另外，长期处于潮湿、不通风的环境中，皮肤的抵抗力会下降，也容易受到HPV的侵袭。
自身免疫力状况影响发病
免疫功能低下人群：患有某些疾病导致免疫功能低下的人，如患有艾滋病等免疫缺陷性疾病的患者，或者长期使用免疫抑制剂的人，更容易感染HPV并患上扁平疣。因为正常的免疫系统能够及时识别和清除入侵的病毒，而免疫功能低下时，这种清除能力减弱，病毒就容易在体内繁殖引发疾病。
特殊人群：孕妇由于体内激素水平的变化，免疫力会有所下降，也可能更容易感染HPV引发扁平疣。而且孕妇在患病后需要特别注意，因为用药需要谨慎，以免影响胎儿。此时更要注重保持皮肤清洁，避免搔抓，防止自身接种传播，因为搔抓可能会导致病毒接种到身体其他部位，引起更多皮疹出现。
