避孕套主要通过物理屏障作用，有效降低多种性传播疾病（STD）的感染风险，包括人类免疫缺陷病毒（HIV）、梅毒螺旋体、淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、单纯疱疹病毒2型（HSV-2）、人乳头瘤病毒（HPV，高危型）、阴道毛滴虫、阴虱等。其防护效果虽非100%，但能显著减少病原体直接接触传播的概率。
病毒类性传播疾病防护：避孕套可有效阻隔HIV、HSV-2（生殖器疱疹病原体）的传播，降低HPV（高危型可致宫颈癌）传播风险。因病毒主要通过体液或皮肤黏膜接触传播，避孕套能减少直接接触，但HPV感染可能通过未覆盖区域（如外阴、肛周）传播，需结合HPV疫苗接种。
细菌类性传播疾病防护：淋病奈瑟菌（淋病）、梅毒螺旋体、沙眼衣原体（衣原体感染）主要经体液传播，避孕套可物理性阻隔病原体，降低感染风险。梅毒螺旋体可经皮肤黏膜微小破损传播，避孕套能减少此类直接接触，但需注意早期感染无明显症状时的潜在风险。
寄生虫及其他病原体防护：阴虱、阴道毛滴虫（滴虫病）、疥螨（疥疮）等主要通过直接皮肤接触传播，避孕套可减少性接触中的直接暴露，降低阴虱、滴虫病传播风险。但疥疮等可能通过共用毛巾间接传播，避孕套仅对性传播环节有效。
特殊人群使用注意事项：HIV感染或高危行为者使用避孕套可使伴侣感染风险降低95%以上；男性包皮过长者建议选择延展性好的避孕套，减少破裂风险；女性患阴道炎或宫颈炎时，使用前需先治疗，避免交叉感染；青少年初次使用者建议选择小包装、润滑型避孕套，操作时注意手部清洁；老年人群若手指灵活性下降，可选择带润滑剂或易佩戴设计的避孕套；对乳胶过敏者应选用聚氨酯材质避孕套，避免过敏反应。
