传染性软疣治疗有局部治疗如刮除术、冷冻治疗、激光治疗，药物治疗如不宜物理治疗者外用维A酸软膏等，全身治疗针对免疫功能低下患者需治基础病提免疫力，治疗中要注意个人卫生防自身接种和交叉感染且不同患者需个体化治疗。
一、局部治疗
刮除术：这是较为常用的方法，由医生用消毒过的镊子将软疣小体完全夹出，然后局部涂抹碘酊等进行消毒，以防细菌感染。对于儿童患者，操作时需更加轻柔、耐心，安抚儿童情绪，避免因哭闹导致操作不顺利或受伤。青少年及成年患者若能配合，也可采用此方法，一般一次即可去除，但如有残留可能会复发。
冷冻治疗：利用低温的液氮作用于疣体，使其坏死脱落。冷冻治疗可能会引起局部疼痛，儿童对疼痛耐受性相对较差，操作时要精准控制冷冻时间和范围，减少对周围正常皮肤的损伤。治疗后局部可能会出现水疱、结痂等，要注意保持局部清洁干燥，避免感染。
激光治疗：通过激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗对于较大的疣体或多发疣体有一定效果，但治疗过程中会有一定的灼热感，儿童需要做好安抚工作，治疗后同样要注意创面护理，防止感染，同时要避免阳光直射，以免引起色素沉着。
二、药物治疗
外用药物：对于不宜采用物理治疗的患者，可外用维A酸软膏等药物。但维A酸软膏可能会引起局部刺激，如红斑、脱屑等，儿童皮肤较为娇嫩，使用时需谨慎，小面积试用后观察有无不良反应。成人使用时也应注意按照说明书规范使用，避免大面积长期使用。
三、全身治疗
对于免疫功能低下的患者，如患有艾滋病等基础疾病的人群，传染性软疣可能会反复发作且病情较为严重。此时需要在治疗局部疣体的同时，积极治疗基础疾病，提高机体免疫力。但药物的使用需要严格遵循专科医生的指导，根据基础疾病的情况和免疫状态来制定综合治疗方案，儿童免疫功能尚未完全发育成熟，若出现免疫相关问题导致传染性软疣，更要谨慎用药，密切监测病情变化。
在治疗传染性软疣过程中，无论是哪种治疗方法，都要注意个人卫生，避免搔抓疣体，防止自身接种传播。患者的衣物、毛巾等要单独清洗消毒，家庭中如有多人患病，要注意隔离，避免交叉感染。同时，不同年龄、健康状况的患者在治疗时需综合考虑各自的特点，采取个体化的治疗方案，以达到最佳的治疗效果并减少不良反应的发生。
