HPV感染分无明显症状情况（多数为亚临床或潜伏感染，免疫正常者低危型轻度感染常被自身清除）、低危型感染相关症状（生殖器疣好发于生殖器及肛周等部位初为小丘疹后增大成乳头等样突起一般无症状或有瘙痒灼痛等，呼吸道复发性乳头瘤病见于婴幼儿致声音嘶哑呼吸困难等）、高危型感染相关症状（宫颈癌前病变早期多无明显症状部分有分泌物增多或接触性出血，宫颈癌晚期有不规则出血、排液增多及继发症状等，高危型HPV持续感染是宫颈癌重要危险因素，不同人群症状有差异，女性应定期筛查，有生殖器疣者避免不洁性行为防传播）。
一、无明显症状的情况
大多数HPV感染属于亚临床感染或潜伏感染，没有任何明显的症状。这是因为人体的免疫系统可能能够暂时控制病毒的复制，使得身体没有出现可察觉的异常表现。对于免疫功能正常的人群，这种情况较为常见，尤其是低危型HPV的轻度感染，很多时候病毒会被自身免疫系统清除，不会引发明显症状。
二、低危型HPV感染相关症状
1.生殖器疣
好发部位：多见于生殖器及肛门周围等部位。男性好发于冠状沟、龟头、包皮、系带、尿道口等，女性好发于大小阴唇、阴道口、会阴、肛周等。
症状表现：初期为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。颜色可为红色、污灰色或正常皮色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。一般无自觉症状，部分患者可有瘙痒、灼痛或压迫感。例如，低危型HPV6、11型感染较为常见地引起生殖器疣，这种情况在有不洁性行为等高危行为后可能发生，且在性活跃人群中相对多见。
2.呼吸道复发性乳头瘤病
主要发生于婴幼儿，是由HPV6、11型感染引起。表现为呼吸道黏膜的乳头瘤样增生，可出现声音嘶哑、呼吸困难等症状，严重时可导致窒息，需要及时就医处理。这是因为HPV感染呼吸道黏膜后，引起异常的细胞增殖形成乳头瘤，影响呼吸道的正常功能。
三、高危型HPV感染相关症状
1.宫颈病变相关症状
宫颈癌前病变：早期通常无明显症状，部分患者可能出现阴道分泌物增多，偶有接触性出血（如性生活后或妇科检查后少量阴道出血）。这是因为高危型HPV持续感染宫颈上皮，导致宫颈上皮内瘤变，病变早期细胞的异常增殖还未引起明显的组织破坏，但可能会有少量血管破裂导致出血情况。随着病变进展，阴道分泌物可能会增多，质地可能变得黏稠，有异味等。
宫颈癌：晚期患者可出现不同的症状，如阴道不规则出血，出血量可多可少，年轻患者也可表现为经期延长、经量增多；老年患者常为绝经后不规则阴道流血。阴道排液增多，可为白色或血性，稀薄如水样或米泔状，有腥臭。晚期患者根据癌灶累及范围出现不同的继发性症状，如尿频、尿急、便秘、下肢肿痛等；癌肿压迫或累及输尿管时，可引起输尿管梗阻、肾盂积水及尿毒症；晚期可有贫血、恶病质等全身衰竭症状。高危型HPV持续感染是宫颈癌发生的重要危险因素，尤其是HPV16、18型等高危型别，长期持续感染会逐渐发展为宫颈癌，一般在中年以上女性中相对多见，但近年来发病有年轻化趋势。
不同人群感染HPV后的症状可能会有所差异，例如免疫功能低下的人群，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，HPV感染后更容易出现症状且症状可能更严重，病毒清除更困难。而对于女性，定期进行宫颈癌筛查（如TCT和HPV检测）有助于早期发现HPV感染及相关病变，以便及时采取干预措施；对于有生殖器疣等表现的患者，应避免不洁性行为，防止病毒传播给他人。
