疱疹性咽峡炎有全身和局部症状，全身有发热（儿童易突发高热甚至惊厥，成人相对稍低，持续2-4天左右）、乏力；局部有口腔咽峡部出现疱疹及溃疡（软腭等部位先有灰白色小丘疹后成疱疹，破溃成溃疡，有假膜覆盖，周围黏膜红，儿童进食受影响，成人吞咽等受影响）、咽喉疼痛（吞咽时明显，儿童哭闹，成人影响言语交流，因疱疹溃疡刺激神经末梢致炎症反应使神经敏感）。
一、全身症状
发热：多数患者会出现发热症状，体温可高达39℃-40℃，部分儿童可能会突发高热，甚至引发惊厥。对于儿童来说，由于其体温调节中枢发育尚未完善，高热时更容易出现惊厥等情况，这与儿童的生理特点相关，儿童的神经系统对体温变化较为敏感。成人患者发热程度相对儿童可能稍低，但也可达到中度发热水平，一般持续2-4天左右，但也有个别患者发热时间会稍长。
乏力：患者会感觉全身没有力气，活动耐力下降，这是因为机体在应对病毒感染时，代谢增加，能量消耗增多，同时炎症反应也会影响机体的正常功能，导致患者出现乏力的表现。
二、局部症状
口腔疱疹及溃疡：
疱疹出现部位：主要发生在口腔咽峡部，包括软腭、悬雍垂、扁桃体及腭舌弓等部位，有时也可累及口腔的其他部位。例如软腭处会先出现灰白色的小丘疹，周围绕以红晕，1-2天内丘疹会发展成疱疹，疱疹破溃后形成溃疡。
疱疹特征：疱疹初期为灰白色的小丘疹，直径1-2mm，之后迅速变为疱疹，疱疹壁薄，周围有红晕，数量可多个，也可散在分布。随着病情发展，疱疹破溃后形成浅溃疡，表面有淡黄色的假膜覆盖，周围黏膜呈现鲜红色。儿童患者由于口腔黏膜相对娇嫩，疱疹及溃疡引起的疼痛可能会影响进食，因为进食时食物会刺激溃疡面，导致疼痛加剧。而成人患者也会因溃疡疼痛而影响吞咽，尤其是在进食辛辣、过热等刺激性食物时，疼痛会明显加重。
咽喉疼痛：患者会感到咽喉部位疼痛，尤其是在吞咽时疼痛更为明显。疼痛程度因人而异，儿童可能会表现出烦躁不安、哭闹不止，因为儿童无法准确表达疼痛程度，主要通过哭闹等方式来体现。而成人则会明确诉说吞咽时咽喉部的疼痛，严重时可能会影响正常的言语交流，因为说话时也会牵动咽喉部位的肌肉，加重疼痛。咽喉疼痛是由于疱疹及溃疡刺激咽喉部的神经末梢引起的，炎症反应导致局部神经敏感性增高，从而产生疼痛感觉。
