月经结束第三天同房是否会怀孕，取决于月经周期长度和排卵时间。若月经周期规律（28~30天），此时处于相对安全的卵泡期，怀孕概率较低；若周期较短（21~25天）或存在排卵提前，可能处于排卵期附近，有一定怀孕风险。
对于月经周期规律（28~30天）的女性，月经结束后第三天通常处于卵泡期早期，卵巢尚未开始排卵，子宫内膜较薄不利于受精卵着床，此阶段同房怀孕概率较低。但需注意，个体月经周期可能存在波动，部分女性可能因情绪、压力等因素导致排卵提前，若月经周期较短（如21~25天），排卵可能提前至月经结束后3~5天，此时同房存在怀孕风险。
若月经周期不规律（如经常提前或延迟超过7天），无法通过月经结束时间准确判断排卵情况，建议通过排卵试纸监测或基础体温测量确定排卵期，避免意外怀孕。此外，紧急避孕药可在无保护性行为后72小时内服用，但需注意其可能引起的月经紊乱，不建议作为常规避孕手段。
对于有生育计划的女性，可在排卵期（下次月经前14天左右）前后增加同房频率，提高受孕概率；对于暂无生育计划的女性，建议采用避孕套、短效避孕药等科学避孕方式，避免意外怀孕对身体造成伤害。特殊人群（如哺乳期女性、患有妇科疾病者）应在医生指导下选择合适的避孕方式，确保身体健康。
