支原体感染与衣原体感染在病原体类型、传播途径、易感人群及临床表现上存在差异。支原体无细胞壁，衣原体有细胞内寄生特性，二者均通过性接触传播，但支原体也可经母婴传播，衣原体还可致呼吸道感染。
病原体类型：支原体是无细胞壁的原核微生物，常见致病株为肺炎支原体（呼吸道感染）和解脲支原体（泌尿生殖道感染）；衣原体是有细胞壁的革兰氏阴性菌，分为沙眼衣原体（泌尿生殖道/眼部感染）和肺炎衣原体（呼吸道感染）。
传播途径：支原体主要通过性接触传播，解脲支原体也可经母婴途径传播；衣原体主要经性接触传播，沙眼衣原体可致新生儿眼炎/肺炎，肺炎衣原体主要经飞沫呼吸道传播。
易感人群及临床表现：支原体感染多见于青少年及成人，泌尿生殖道感染表现为尿道刺痛、分泌物增多，呼吸道感染伴发热、咳嗽；衣原体感染在性活跃人群中高发，泌尿生殖道感染有黏液脓性分泌物，新生儿感染可致眼结膜充血、肺炎。
治疗差异：支原体感染首选大环内酯类抗生素（如阿奇霉素）；衣原体感染推荐多西环素或米诺环素，孕妇需用阿莫西林。特殊人群如孕妇、哺乳期女性及儿童，需在医生指导下选择安全性高的药物，避免滥用广谱抗生素。
预防措施：坚持安全性行为，使用安全套；注意个人卫生，避免共用毛巾、衣物；新生儿出生后及时预防性使用眼药水，降低衣原体感染风险。
