造成习惯性流产的主要原因包括遗传因素（染色体异常）、解剖结构异常（子宫畸形等）、内分泌失调（甲状腺功能异常等）、感染因素（生殖道感染等）及免疫功能异常（自身免疫性疾病等）。
遗传因素：胚胎染色体异常是早期习惯性流产的主要原因，约占50%~60%，包括数目异常（如三体）和结构异常（如易位）。夫妻双方染色体异常也可能导致流产，需通过孕前遗传学检查明确。
解剖结构异常：子宫畸形（如纵隔子宫、双角子宫）、宫腔粘连、子宫肌瘤等解剖问题会影响胚胎着床和发育。其中，子宫畸形者流产风险显著升高，需通过影像学检查（如超声、宫腔镜）评估。
内分泌失调：甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳、多囊卵巢综合征（PCOS）等内分泌疾病，会干扰胚胎着床环境。甲状腺抗体阳性者流产风险增加，需孕前及孕期监测激素水平。
感染因素：生殖道感染（如衣原体、支原体感染）、TORCH感染（如风疹病毒、巨细胞病毒）可能引发流产。孕期感染需及时治疗，孕前筛查感染指标可降低风险。
免疫功能异常：抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，会导致胎盘血管血栓形成。免疫因素需通过专科检查（如抗磷脂抗体检测）明确，必要时采用免疫调节治疗。
特殊人群注意事项：有反复流产史的女性应尽早进行全面检查，夫妻双方共同参与评估。高龄女性（≥35岁）流产风险较高，建议孕前咨询。生活方式中，戒烟、限酒、控制体重（BMI 18.5~24.9）可降低风险。
