跖疣可通过物理治疗、药物治疗、手术治疗等方式去除，多数患者经规范治疗可治愈。
物理治疗包括液氮冷冻治疗，适用于数量少、单个的跖疣，治疗后可能出现局部水疱或轻微疼痛，一般2～3周可脱落；激光治疗，通过高温破坏疣体组织，适合较厚或疼痛明显的跖疣，术后需注意创面护理；电灼治疗，利用高频电流烧灼疣体，适用于有明显出血点的跖疣。
药物治疗常用外用角质剥脱剂如水杨酸制剂，通过溶解角质层去除疣体，需坚持使用2～4周；维A酸类药物可调节角质形成细胞分化，适用于轻中度跖疣；平阳霉素等抗肿瘤药物可局部注射使疣体坏死脱落，需由医生操作。
手术治疗包括刮除术，在局部麻醉下用刮匙将疣体连同根部一并刮除，术后需压迫止血并注意预防感染；切除术适用于较大、基底较深的跖疣，需缝合伤口，愈合时间相对较长。
特殊人群中，孕妇应优先选择物理治疗，避免药物对胎儿影响；糖尿病患者需严格控制血糖，因足部血运差易继发感染，建议在医生指导下治疗；儿童患者可先尝试外用药物，若无效再考虑物理治疗，治疗时需家长全程陪同防止操作不当。
