小孩唇裂的原因涉及遗传因素、孕期环境及营养缺乏等多方面。遗传因素中，约20%病例与家族遗传相关，若父母一方患病，子女风险增加约2-3倍。孕期环境因素包括母亲在妊娠早期接触有害物质，如烟草、酒精、某些化学物质或感染病毒（如风疹），这些因素会干扰胚胎面部发育。营养缺乏方面，叶酸不足（孕期前3个月缺乏）可能影响唇部融合，而维生素B族、维生素C缺乏也被研究提示与唇裂风险相关。此外，孕期糖尿病或高血压控制不佳，可能通过影响胎盘血供间接增加唇裂发生几率。
遗传因素：约20%唇裂病例有家族遗传倾向，若一级亲属（父母、兄弟姐妹）患病，后代患病风险显著升高。遗传模式多为多基因遗传，多个基因与环境因素共同作用。
孕期环境暴露：妊娠早期（孕6-10周）是胚胎面部发育关键期，母亲接触烟草（吸烟或二手烟）会使唇裂风险增加2-3倍，酒精暴露可能通过影响细胞增殖导致发育异常。此外，某些病毒感染如风疹病毒，或接触有害物质（如某些药物、化学溶剂），也会干扰胚胎颌面部融合过程。
营养与代谢因素：孕期叶酸缺乏与唇裂密切相关，叶酸参与细胞增殖和神经管形成，缺乏可能导致面部发育异常。维生素B族、维生素C不足也被研究提示与唇裂风险增加相关。孕期糖尿病控制不佳时，高血糖环境可能影响胚胎发育，增加唇裂发生率。
其他因素：母亲孕期压力过大或情绪波动可能通过影响内分泌系统间接增加风险。此外，某些慢性疾病（如甲状腺功能异常）未控制时，也可能影响胚胎发育。需注意，唇裂常与腭裂合并出现，称为唇腭裂，遗传和环境因素在两者发生中可能存在共同作用路径。
