不是由金黄色葡萄球菌引起的疾病包括病毒感染性疾病、其他细菌感染性疾病、非感染性疾病等。
病毒感染性疾病：如流感（由流感病毒引起）、普通感冒（多为鼻病毒等）、水痘（水痘-带状疱疹病毒）、带状疱疹（水痘-带状疱疹病毒）、手足口病（柯萨奇病毒等）、病毒性肝炎（甲、乙、丙等型肝炎病毒）等，这些疾病由病毒入侵人体引发，与金黄色葡萄球菌无关。
其他细菌感染性疾病：如肺炎链球菌肺炎（肺炎链球菌）、脑膜炎奈瑟菌脑膜炎（脑膜炎奈瑟菌）、淋病（淋病奈瑟菌）、结核（结核分枝杆菌）、百日咳（百日咳杆菌）等，致病菌为除金黄色葡萄球菌外的其他细菌种类。
非感染性疾病：如类风湿关节炎（自身免疫性疾病）、糖尿病（代谢性疾病）、系统性红斑狼疮（自身免疫性疾病）、高血压（心血管疾病）、肿瘤（细胞异常增殖）等，这类疾病由自身免疫、代谢异常、遗传或环境等非感染因素导致。
特殊人群注意事项：婴幼儿免疫系统尚未发育完全，易患病毒感染性疾病，需注意避免接触感染源；老年人免疫力下降，感染性疾病风险增加，应加强防护；孕妇感染病毒可能影响胎儿，需格外注意预防。
