乙脑疫苗减毒活疫苗与灭活疫苗在原理、免疫效果、接种程序、适用人群及安全性方面有不同特点。减毒活疫苗是将病毒减毒保留免疫原性，免疫效果好且持久，接种程序为8月龄和2周岁各1剂次，适用特定人群，一般反应和罕见不良反应发生率低但免疫缺陷者有风险；灭活疫苗是将病毒灭活保留抗原性，基础免疫需2剂次，接种程序不同，适用人群广，一般反应较轻，罕见不良反应发生率极低。
原理：是将乙型脑炎病毒经过处理后，使其毒力减弱，但仍保留免疫原性，接种后能在人体内引发免疫反应，刺激机体产生抗体。例如我国的乙脑减毒活疫苗，是用乙脑病毒SA14-14-2减毒株接种原代地鼠肾细胞，经培养、收获病毒液后，加适量明胶、蔗糖冻干制成。
免疫效果：一般接种1剂次后，中和抗体阳转率可达85%-98%左右，接种2剂次后，中和抗体阳转率接近100%，免疫效果较好且持久，通常接种1剂次后可维持较长时间的免疫力。
接种程序：通常8月龄和2周岁各接种1剂次。
适用人群：健康的8月龄-10周岁儿童以及由非疫区进入疫区的儿童和成人。但对于免疫功能低下者、孕妇等特殊人群需谨慎使用。免疫功能低下者接种后可能免疫应答不佳，孕妇接种可能会对胎儿产生潜在影响，需在医生评估后决定是否接种。
灭活疫苗：
原理：是将乙型脑炎病毒培养后，用物理或化学方法将其灭活，使其失去感染性和毒性，但保留病毒的抗原性，接种后刺激机体产生抗体。例如乙脑灭活疫苗是用乙脑病毒接种地鼠肾细胞，经培养、收获病毒液后，用甲醛溶液灭活制成。
免疫效果：基础免疫通常需要接种2剂次，间隔7-10天，接种第1剂次后中和抗体阳转率约为50%-70%，接种第2剂次后中和抗体阳转率可达70%-90%左右，免疫力产生相对减毒活疫苗稍慢，但安全性相对较高。
接种程序：6-12月龄接种2剂次，间隔7-10天，2周岁和6周岁各加强1剂次。
适用人群：适用范围较广，包括免疫功能低下者、孕妇、儿童等特殊人群。对于免疫功能低下者，虽然灭活疫苗免疫原性相对减毒活疫苗稍弱，但仍是可选择的接种方式；孕妇在必要时也可以接种，因为灭活疫苗中的病毒已灭活，对胎儿影响较小；儿童只要符合接种程序均可接种。
两种疫苗的安全性比较
减毒活疫苗：
一般反应：可能出现局部反应，如接种部位红肿、疼痛等，发生率较低，一般为10%-20%左右；也可能出现全身反应，如发热，一般为低热，体温在37.5-38.5℃左右，发生率约为5%-10%。
罕见不良反应：极少数人可能出现过敏反应等严重不良反应，但发生率极低，约为百万分之几。对于免疫功能正常的人群，这些不良反应通常是可控的，但对于免疫功能缺陷者，接种后可能有发生疫苗相关疾病的风险，不过概率非常低。
灭活疫苗：
一般反应：局部反应相对减毒活疫苗较轻，红肿、疼痛等症状一般较轻，发生率约为5%-15%；全身反应如发热，多为低热，体温37.5℃左右，发生率约为3%-8%。
罕见不良反应
