消化不良腹泻可根据具体情况选择药物，如益生菌类、消化酶制剂等。
一、益生菌制剂
益生菌能调节肠道菌群，改善肠道功能。对于因肠道菌群失调引起的消化不良腹泻有一定作用。例如枯草杆菌二联活菌颗粒，可补充肠道有益菌，平衡菌群，缓解腹泻等不适，但需注意婴幼儿使用时应遵循医生指导，因其肠道功能发育尚不完善，不当使用可能影响肠道正常菌群建立。
二、消化酶制剂
当消化不良是因消化酶分泌不足导致时，可使用消化酶制剂。像多酶片，含有多种消化酶，能促进食物消化，改善消化不良进而缓解腹泻情况。但老年人若有基础疾病，使用时需留意药物相互作用等问题，最好在医生评估后使用。
三、肠道黏膜保护剂
蒙脱石散属于肠道黏膜保护剂，能吸附肠道内的病原体和毒素，保护肠道黏膜，减轻腹泻症状。它适用于多种原因引起的腹泻，安全性较好，但儿童使用时要注意剂量，过量可能引起便秘等问题。
四、抑制肠道分泌药物
若腹泻是肠道分泌亢进引起，如药用炭片，能吸附肠道内过多的气体和液体，减少肠道分泌，缓解腹泻。不过，长期大量使用可能影响其他营养物质吸收，需谨慎使用，尤其是有营养不良风险的人群。
在选择药物时，要综合考虑自身情况，如年龄、基础疾病等，最好在医生或药师指导下合理选用，以达到更好的治疗效果，同时非药物干预如调整饮食结构等也很重要，如避免进食油腻、辛辣、刺激性食物，适当进食易消化的食物等。
