肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，其原因主要有感染、局部刺激、医源性因素和其他因素。
1.感染：肛管直肠周围脓肿是肛瘘的主要原因，脓肿破溃或切开引流后可形成肛瘘。
肛管直肠周围脓肿：肛管直肠周围组织感染化脓形成脓肿，若未及时治疗或治疗不当，脓肿可破溃或切开引流，形成肛瘘。
感染途径：主要通过肛腺感染引起，肛腺开口于肛管直肠交界处，肛窦炎、肛裂等可导致肛腺堵塞，细菌逆行感染引起肛腺炎，进而形成肛管直肠周围脓肿。
2.局部刺激：经常吃辛辣、油腻等带刺激性的食物，可导致肛管直肠局部充血、抵抗力下降，从而诱发肛瘘。
饮食因素：辛辣、油腻等刺激性食物可刺激肛管直肠黏膜，导致局部充血、抵抗力下降，容易发生感染，进而诱发肛瘘。
其他因素：长期饮酒、久坐、便秘等也可导致肛管直肠局部血液循环障碍，增加肛瘘的发病风险。
3.医源性因素：内痔注射、肛裂扩肛、直肠手术等，因操作不当或术后感染，也可导致肛瘘。
医源性操作：内痔注射、肛裂扩肛、直肠手术等操作过程中，如果消毒不严格或术后护理不当，可导致肛管直肠黏膜损伤，细菌感染，进而形成肛瘘。
感染因素：手术过程中或术后，若患者身体抵抗力下降，也容易发生感染，形成肛瘘。
4.其他因素：结核、克隆病、溃疡性结肠炎等特异性炎症、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可导致肛瘘，但较为少见。
特异性炎症：结核、克隆病、溃疡性结肠炎等特异性炎症可导致肛管直肠黏膜破坏、溃疡形成，进而形成肛瘘。
恶性肿瘤：肛管直肠恶性肿瘤可导致肛管直肠周围组织破坏、感染，形成肛瘘。
肛管外伤感染：肛管外伤后感染也可导致肛瘘的发生。
