手足口病与疱疹性咽峡炎可通过发病部位、皮疹特点、全身症状及病程区分。手足口病皮疹多见于手、足、口腔、臀部，病程1~2周；疱疹性咽峡炎仅口腔咽峡部有疱疹，病程较短（3~5天）。
发病部位差异：手足口病皮疹分布在手、足、口腔、臀部，口腔疱疹可破溃形成溃疡；疱疹性咽峡炎仅口腔咽峡部（软腭、扁桃体、咽后壁）出现灰白色疱疹，无手足皮疹。
皮疹特点：手足口病皮疹为红色斑丘疹或疱疹，周围有红晕，疱疹内液体少，1周内结痂；疱疹性咽峡炎疱疹呈灰白色，直径约2~4mm，1~2天破溃成浅溃疡。
全身症状：手足口病常伴发热（低热至高热）、食欲下降，部分儿童有咳嗽、流涕；疱疹性咽峡炎以高热为主，咽痛剧烈，婴幼儿因疼痛拒食、流涎，全身症状较轻。
病程与并发症：手足口病病程1~2周，少数重症病例可并发脑炎、心肌炎；疱疹性咽峡炎病程3~5天，无并发症，愈后良好。
特殊人群注意：婴幼儿（尤其3岁以下）需密切观察精神状态、体温及进食情况，出现持续高热、抽搐、呕吐等及时就医；孕妇、免疫功能低下者避免接触患者，降低感染风险。
