强直性脊柱炎的危害较为严重，若未及时规范治疗，可能在数年内进展为脊柱强直、关节畸形，甚至影响心肺功能，显著降低生活质量。
脊柱与关节损伤：早期可出现腰背部疼痛、晨僵，随病情进展，脊柱椎体间韧带骨化形成竹节样改变，脊柱活动受限，晚期可能发生脊柱骨折、畸形，严重影响日常活动。
外周关节受累：约40%患者会出现外周关节病变，常见于髋、膝、踝等大关节，表现为关节疼痛、肿胀、活动受限，长期可导致关节破坏、畸形，甚至残疾。
眼部与心血管系统：约25%患者会出现葡萄膜炎，表现为眼红、眼痛、视力下降，若不及时治疗可能导致失明；少数患者可出现主动脉瓣关闭不全、心脏传导阻滞等心血管并发症。
生活质量与心理健康：慢性疼痛和功能障碍会导致患者焦虑、抑郁等心理问题，影响睡眠、工作和社交，部分患者因疾病产生自卑心理，降低生活满意度。
特殊人群注意事项：青少年发病者因骨骼未发育成熟，需尽早规范治疗以避免畸形；孕妇患者需在医生指导下调整治疗方案，避免药物对胎儿影响；老年患者更易出现骨质疏松，需加强骨密度监测和防跌倒措施。
