新生儿脑炎多数情况下可以治愈，但需结合病情严重程度、治疗时机及病原体类型综合判断。
若脑炎由细菌感染引起，如B族链球菌、大肠埃希菌等，早期使用敏感抗生素（如头孢曲松钠、青霉素钠）治疗，治愈率可达80%-90%；病毒性脑炎（如单纯疱疹病毒）及时应用抗病毒药物（如阿昔洛韦），治愈率约60%-80%；真菌性脑炎（如念珠菌）因治疗难度大，治愈率相对较低，约50%-70%。
治疗关键在于早发现、早干预。若患儿出现发热、拒奶、嗜睡、抽搐或前囟膨隆等症状，需立即就医，通过腰椎穿刺、脑脊液检查等确诊病因。治疗期间需密切监测生命体征，配合降颅压、控制惊厥等对症支持措施。多数轻症患儿经规范治疗可完全康复，但早产儿、低体重儿或合并严重并发症（如脑积水、癫痫）者，可能遗留运动障碍、智力发育迟缓等后遗症，需长期康复训练。
