霉菌性外耳道炎的治疗包括一般治疗、局部抗真菌药物治疗、全身抗真菌药物治疗及特殊人群注意事项。一般治疗需清洁外耳道、保持干燥；局部用咪唑类、多烯类药物；病情严重等可全身用抗真菌药；儿童、妊娠期女性、糖尿病患者有各自注意事项。
保持外耳道干燥：尽量避免外耳道进水，可使用干净的棉球轻轻堵塞外耳道入口以阻挡水进入，但要注意定期更换棉球。在游泳、洗头后要及时将外耳道擦干。婴幼儿外耳道相对狭窄且皮肤薄嫩，更要注意保持干燥，洗澡时可使用耳罩保护外耳道，防止进水后引发感染或加重霉菌感染。
局部抗真菌药物治疗
咪唑类药物：如克霉唑、咪康唑等，具有广谱抗真菌作用。可制成滴耳液，如2%克霉唑溶液，每日3-4次滴耳，每次数滴，让药液在耳道内充分接触病变部位。对于儿童患者，使用局部抗真菌药物时要严格控制剂量和使用频率，避免药物过量吸收引起全身不良反应。
多烯类药物：例如制霉菌素，可制成混悬液滴耳，制霉菌素能与真菌细胞膜上的甾醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内内容物外漏而发挥抗真菌作用。使用时同样要注意儿童的用药安全，根据年龄和病情调整使用方法。
全身抗真菌药物治疗
对于病情严重、外耳道炎范围广泛或局部治疗效果不佳的患者：可考虑全身使用抗真菌药物，如伊曲康唑等。但全身用药需要严格掌握适应证，因为抗真菌药物可能有一定的肝毒性等不良反应。对于患有肝脏基础疾病的患者要谨慎使用，儿童使用全身抗真菌药物更需谨慎评估利弊，一般优先选择局部治疗，只有在病情十分严重时才考虑全身用药。
特殊人群注意事项
儿童：儿童霉菌性外耳道炎患者在治疗时要特别注意药物的选择和操作的轻柔性。局部用药时要避免使用刺激性过强的药物，操作清洁外耳道时动作一定要轻柔，防止损伤儿童外耳道黏膜。同时要密切观察儿童用药后的反应，如是否出现耳部疼痛加剧、红肿加重等情况，如有异常及时就医。
妊娠期女性：妊娠期女性患霉菌性外耳道炎时，局部治疗是主要的治疗方式，全身用药要非常谨慎。选择局部抗真菌药物时要考虑对胎儿的影响，尽量选择相对安全的药物，并在医生的指导下使用，严格遵循用药的剂量和疗程要求。
糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖控制不佳易反复发生霉菌性外耳道炎，在治疗过程中除了进行抗真菌治疗外，要积极控制血糖，将血糖控制在合理范围（一般空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右），这样才能提高治疗效果，减少复发的可能。
