疱疹性咽峡炎治疗分抗病毒及对症治疗，抗病毒无特效药物，可使用干扰素α；对症治疗包括退热（超38.5℃用对乙酰氨基酚，注意儿童剂量及婴儿谨慎）、缓解咽痛（用含漱液等），特殊人群儿童要谨慎用药、密切观察，成人有基础病需告知医生调整用药。
一、抗病毒药物
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的，对于肠道病毒感染目前尚无特效的抗病毒药物，但是可使用干扰素α等药物，干扰素α具有抗病毒、抗增殖及免疫调节作用，可抑制病毒复制，有助于减轻症状和缩短病程。
二、对症治疗药物
退热药物：如果患者体温超过38.5℃，且伴有发热相关不适，可根据情况使用对乙酰氨基酚等药物，对乙酰氨基酚适用于儿童及成人，能有效降低体温，缓解发热带来的不适，但需注意不同年龄段儿童的剂量有所不同，儿童使用时需严格按照体重计算剂量，避免过量使用。对于6个月以下婴儿，使用退热药物需格外谨慎，应在医生指导下进行，因为婴儿体温调节中枢尚未发育完善，使用不当可能会出现不良反应。
缓解咽痛药物：若患者咽痛明显，可使用含漱液，如生理盐水等，生理盐水含漱可以清洁口腔，减轻咽部不适；对于较大儿童，还可使用喉糖等，但需注意避免儿童误吞。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童是疱疹性咽峡炎的高发人群，由于儿童的肝、肾等器官发育尚未成熟，在使用药物时需要更加谨慎。例如在使用退热药物时，必须严格按照儿童的体重和年龄来准确计算剂量，避免因药物过量而对儿童肝、肾等器官造成损害。同时，儿童的免疫系统相对较弱，病情变化可能较快，家长需密切观察儿童的病情变化，如体温、精神状态等，一旦出现异常应及时就医。
成人患者：成人患者在用药时也需要注意自身的基础病史等情况，如果本身有肝肾功能不全等基础疾病，在使用药物时需要告知医生，以便医生调整用药方案，避免药物对肝肾功能造成进一步损害。
