疱疹性咽峡炎的治疗包括抗病毒药物和对症治疗药物。抗病毒药物有干扰素α和利巴韦林，使用需遵医嘱。对症治疗包括退热药物（体温超38.5℃时用对乙酰氨基酚或布洛芬等，依患儿情况选）和缓解咽痛药物（如生理盐水含漱等，注意儿童年龄）。该病多自限，治疗中要让患儿多休息、保持口腔清洁等，婴幼儿要密切观察病情，避免滥用药物，按患儿具体情况由医生定个体化方案。
可抑制病毒复制，有研究显示其对疱疹性咽峡炎由柯萨奇病毒等引起的感染有一定作用，通过喷雾等局部给药方式，能在局部发挥抗病毒效应，减少病毒传播和复制，尤其适用于儿童患者，相对全身用药副作用可能更小，但需在医生指导下使用，根据患儿年龄等情况确定合适的给药剂量和方式。
利巴韦林
对于疱疹性咽峡炎由相关病毒感染引起的情况有一定抗病毒作用，可通过口服或静脉给药等方式，但要注意其可能存在的不良反应，比如对血液系统可能有一定影响，儿童使用时需严格评估病情后谨慎选择，因为低龄儿童使用需更谨慎权衡利弊，要依据患儿具体年龄、病情严重程度等因素由医生判断是否适用利巴韦林。
对症治疗药物
退热药物
当患儿体温超过38.5℃且有发热不适时，可考虑使用对乙酰氨基酚，它是较为安全的儿童退热药物之一，通过抑制前列腺素合成发挥退热作用，能有效降低体温，缓解发热带来的不适，但要注意根据儿童体重等计算准确剂量；布洛芬也可用于退热，其退热持续时间相对较长，同样需注意儿童的年龄和体重等因素来合理使用，不过要避免低龄儿童不恰当使用，需在医生指导下根据患儿具体情况选用合适的退热药物。
缓解咽痛药物
对于咽痛明显的患儿，可使用含漱液，如生理盐水含漱，能清洁口腔，减轻局部炎症刺激带来的咽痛症状；也可使用一些局部喷雾制剂，起到一定的镇痛和减轻炎症的作用，但同样要考虑儿童的年龄，低龄儿童使用时需防止误咽等情况发生，需在医生建议下选择合适的缓解咽痛的药物或方法。
疱疹性咽峡炎多为自限性疾病，大部分患儿经过上述对症及可能的抗病毒治疗后可逐渐康复。在治疗过程中，要注意让患儿多休息，保持口腔清洁，多饮水，饮食上给予清淡、易消化的食物。对于特殊人群如婴幼儿，要更加密切观察病情变化，因为婴幼儿病情变化相对较快，一旦出现高热不退、精神萎靡等异常情况需及时就医。同时，要避免滥用药物，严格遵循循证医学原则，根据患儿具体情况由医生制定个体化的治疗方案。
