自然流产原因包括胚胎因素中染色体异常多源于父母遗传或发育中突变；母体因素有全身性疾病致胎盘供血不足、生殖器官异常影响着床发育、内分泌异常影响胚胎环境、免疫功能异常致胎盘血供或免疫排斥、不良生活方式干扰发育；父亲因素是精子染色体异常致胚胎异常；环境因素为接触放射线或化学物质损伤胚胎细胞遗传物质及功能诱发流产。
一、胚胎因素
染色体异常是早期自然流产最主要的原因，包括数目异常和结构异常。例如，三体、单体等数目异常，以及染色体片段缺失、易位等结构异常，约占早期自然流产的50%~60%。胚胎染色体异常多源于父母遗传物质的异常，也可能是胚胎在发育过程中受到外界因素影响发生突变所致。
二、母体因素
（一）全身性疾病
孕妇患有严重感染（如败血症）、高热疾病、严重贫血或心力衰竭等，会导致胎盘供血供氧不足，从而引发流产。例如，孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒等病原体时，可能影响胚胎正常发育进而导致流产。
（二）生殖器官异常
子宫畸形（如双角子宫、纵隔子宫等）会影响胚胎着床及发育空间；宫腔粘连会阻碍胚胎植入和生长；宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛等可导致晚期自然流产。
（三）内分泌异常
黄体功能不全可导致孕激素分泌不足，不能维持子宫内膜蜕膜化，影响胚胎着床和发育；甲状腺功能减退会使机体代谢紊乱，影响胚胎生长环境；糖尿病孕妇血糖控制不佳时，高血糖环境不利于胚胎发育，易引发流产。
（四）免疫功能异常
自身免疫性疾病患者体内存在抗磷脂抗体等自身免疫抗体，可导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供；同种免疫异常表现为母体对胚胎免疫耐受不足，引发免疫排斥反应导致流产。
（五）不良生活方式
过量吸烟、酗酒、过量饮用咖啡等，其中的有害物质会干扰胚胎正常发育进程，增加自然流产风险。
三、父亲因素
精子染色体异常可传递给胚胎，导致胚胎染色体异常，进而引发流产。例如，精子染色体数目或结构异常时，受精形成的胚胎染色体也会出现异常，增加自然流产的可能性。
四、环境因素
过多接触放射线（如职业性接触高剂量放射线）或长期处于含有甲醛、苯等化学物质的环境中，这些有害物质会损伤胚胎细胞的遗传物质及正常生理功能，从而诱发自然流产。
