医生诊断为慢性肠炎时，治疗药物选择需结合病因（如感染、免疫性、功能性）及症状严重程度，常用药物包括益生菌调节肠道菌群、蒙脱石散缓解腹泻、柳氮磺吡啶等抗炎药物（适用于炎症性肠病），但需在医生指导下使用。
感染性慢性肠炎
若由细菌感染（如沙门氏菌）或寄生虫引起，需针对性使用抗生素（如喹诺酮类）或抗寄生虫药，需通过粪便培养明确病原体后用药。
炎症性肠病相关肠炎
溃疡性结肠炎或克罗恩病需用氨基水杨酸制剂（如美沙拉嗪）、免疫抑制剂（如硫唑嘌呤），严重者需生物制剂治疗，需长期规范随访。
肠易激综合征型肠炎
功能性肠炎以对症治疗为主，可使用解痉药（如匹维溴铵）、益生菌（如双歧杆菌三联活菌），并结合饮食调整（避免乳制品、辛辣食物）。
特殊人群用药
孕妇及哺乳期女性慎用抗生素，优先选择益生菌；老年人需监测肝肾功能，避免长期使用广谱抗生素；儿童禁用喹诺酮类，腹泻时优先补液及蒙脱石散，严重时就医。
非药物干预
日常避免生冷、油腻食物，规律进餐，减少精神压力；急性发作期需补充水分及电解质，可食用小米粥、蒸苹果等易消化食物。
