川崎病病因未完全明确，可能与感染因素（多种病毒如逆转录病毒等及链球菌等细菌感染被怀疑相关，但机制待究）、免疫因素（免疫异常激活致炎症因子大量释放，自身免疫反应攻击血管内皮细胞加重损伤）、遗传因素（具遗传易感性，某些基因多态性相关，不同种族地区发病率有差异，家族史人群风险高，遗传模式待明）有关。
病毒感染：多种病毒被怀疑与川崎病的发病有关，如逆转录病毒、EB病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、巨细胞病毒等。研究发现川崎病患儿急性期血清中某些病毒抗体滴度升高，提示病毒感染可能触发了机体的免疫反应，但具体的感染途径和机制仍需进一步深入研究。例如，有研究观察到川崎病患儿体内柯萨奇病毒相关抗体水平变化与疾病的发生发展存在一定关联，但还不能确定其就是直接的致病因素。
细菌感染：链球菌、葡萄球菌等细菌感染也被认为可能与川崎病有关。部分患儿在发病前有过细菌感染的病史，不过细菌感染在川崎病发病中的具体作用尚需更多证据支持。比如，有报道称部分川崎病患儿咽部链球菌培养呈阳性，但这与川崎病发病的因果关系还不明确。
免疫因素
免疫异常激活：川崎病是一种全身血管炎综合征，发病时机体免疫系统被异常激活。T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能失调，导致细胞因子和炎症介质大量释放。例如，白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等炎症因子水平显著升高，这些炎症因子会引起血管内皮细胞损伤、血管炎症反应等一系列病理改变。在年龄较小的患儿中，由于免疫系统发育尚未完善，免疫调节功能相对较弱，更容易出现免疫异常激活的情况，从而增加了川崎病的发病风险。
自身免疫反应：机体可能将自身血管组织误认为外来抗原，启动自身免疫反应，攻击血管内皮细胞，导致血管炎症。这种自身免疫反应在川崎病的病理过程中起到了重要作用，会进一步加重血管的损伤和炎症，引起冠状动脉等重要血管的病变。不同年龄段的患儿，自身免疫反应的强度和表现可能有所不同，年龄较小的患儿由于免疫系统的特点，自身免疫反应的特点也有其特殊性。
遗传因素
遗传易感性：川崎病具有一定的遗传易感性，研究发现某些基因多态性与川崎病的发病风险相关。例如，人类白细胞抗原（HLA）基因区域的某些位点多态性与川崎病的易感性有关。不同种族和地区的人群中，川崎病的发病率存在差异，可能与遗传背景不同有关。在有川崎病家族史的人群中，后代患川崎病的风险相对较高，但具体的遗传模式还不十分清楚，需要进一步开展大规模的遗传学研究来明确遗传因素在川崎病发病中的具体作用机制。年龄较大的儿童和成人与儿童在遗传易感性方面可能存在一定差异，因为随着年龄增长，遗传因素的表现和影响可能会受到其他因素的综合作用。
