除腹泻外，大便细菌培养还适用于怀疑肠道感染（如细菌性痢疾、沙门氏菌感染等）、长期发热伴肠道症状、免疫功能低下者（如糖尿病、肿瘤放化疗患者）的不明原因肠道感染，以及需确定病原体以指导治疗的情况。
1.疑似肠道细菌感染：如出现高热、腹痛、黏液脓血便等症状，尤其怀疑细菌性痢疾、霍乱、伤寒等传染病时，需通过培养明确致病菌，为抗生素选择提供依据。
2.长期不明原因腹泻：持续超过2周的慢性腹泻，排除寄生虫、病毒感染后，需排查细菌感染（如艰难梭菌感染），培养可帮助识别致病菌。
3.免疫功能低下者感染：糖尿病、肿瘤放化疗患者或长期使用免疫抑制剂人群，若出现肠道症状，需警惕机会性感染（如大肠杆菌、念珠菌感染），培养可精准定位病原体。
4.术后或创伤后肠道感染：腹部手术后或严重创伤患者出现发热、腹痛、腹泻，需排除肠道菌群失调或细菌移位，培养可辅助诊断感染源。
5.特殊病原体筛查：如怀疑结核杆菌、布鲁氏菌等特殊细菌感染时，需结合临床症状选择针对性培养方法，明确诊断。
温馨提示：婴幼儿、老年人及孕妇等特殊人群留取样本时，需由医护人员协助，避免因操作不当影响结果；留取前避免服用抗生素，以免抑制细菌生长导致假阴性。
