萎缩性舌炎的治疗药物选择取决于病因，常见包括维生素B族（如维生素B12、叶酸）、铁剂（如硫酸亚铁）、锌制剂及局部使用的促黏膜修复药物（如康复新液）。
营养缺乏性萎缩性舌炎：针对缺乏的营养素补充，如维生素B族缺乏者补充复合维生素B，缺铁性贫血者补充铁剂，需注意长期素食者、孕妇及哺乳期女性因营养摄入不足或需求增加，更易出现此类情况，应优先调整饮食结构，增加富含B族维生素、铁、锌的食物。
免疫性萎缩性舌炎：可短期使用免疫调节剂（如转移因子），但需在医生指导下使用。自身免疫性疾病患者（如干燥综合征）需同时治疗原发病，儿童患者应避免使用刺激性药物，优先通过改善口腔环境和营养支持缓解症状。
感染性萎缩性舌炎：由真菌感染（如念珠菌）引起时，使用抗真菌药物（如氟康唑）；细菌感染时使用抗生素（如甲硝唑）。口腔卫生不佳者需加强口腔清洁，儿童患者应避免使用刺激性强的抗生素，优先选择局部抗菌药物。
药物性萎缩性舌炎：停药或调整药物后，可补充维生素B族和锌制剂。长期服药者需定期监测口腔黏膜状态，老年患者应注意药物相互作用，避免自行调整药物剂量。
特殊人群注意事项：孕妇及哺乳期女性需在医生指导下用药，避免影响胎儿发育；老年患者因代谢减慢，用药需谨慎，优先非药物干预；儿童患者应避免使用成人剂型药物，以局部护理和营养支持为主。
