肠道感染因病原体不同有不同抗生素选择，细菌感染如大肠杆菌、沙门菌、志贺菌感染分别可选用氟喹诺酮类、头孢菌素类等药物；病毒感染一般不用抗生素，需对症支持治疗；寄生虫感染中阿米巴原虫、贾第鞭毛虫感染可选用甲硝唑等药物，特殊人群儿童、孕妇、老年人肠道感染选抗生素需考虑各自特点及影响。
大肠杆菌感染：对于敏感的大肠杆菌肠道感染，可选用氟喹诺酮类药物，如环丙沙星等，但需要注意18岁以下未成年人由于骨骼发育尚未成熟，应避免使用该类药物；也可选用头孢菌素类，如头孢克肟等。有研究表明，头孢克肟对大肠杆菌引起的肠道感染具有较好的抗菌活性，能有效清除肠道内的大肠杆菌，缓解腹泻等症状。
沙门菌感染：轻症沙门菌肠道感染可先观察，对于病情较重者，可选用氟喹诺酮类或头孢菌素类抗生素。例如，头孢曲松对沙门菌有良好的抗菌作用，能通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌效果，从而治疗沙门菌引起的肠道感染。
志贺菌感染：志贺菌引起的肠道感染，通常可选用氟喹诺酮类药物，如左氧氟沙星等，但同样不适用于18岁以下儿童；也可选用复方磺胺甲噁唑，但要注意对磺胺类药物过敏者禁用，且在使用过程中需关注患者的肝肾功能等情况。
病毒感染相关情况：肠道病毒感染导致的肠道感染一般不需要使用抗生素，主要是进行对症支持治疗。因为抗生素对病毒无效，过度使用抗生素可能会导致肠道菌群失调等不良反应。例如，轮状病毒引起的秋季腹泻，主要是通过补充水分和电解质，维持水电解质平衡来治疗。
寄生虫感染相关抗生素
阿米巴原虫感染：可选用甲硝唑，它对阿米巴原虫有较强的杀灭作用，能通过干扰阿米巴原虫的氧化还原反应，使原虫氮链发生断裂，从而发挥抗阿米巴原虫的效果。但孕妇及哺乳期妇女应慎用甲硝唑，因为它可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。
贾第鞭毛虫感染：常用药物为甲硝唑，也可选用替硝唑。替硝唑对贾第鞭毛虫的疗效与甲硝唑相当，且副作用相对较少，但同样需要注意特殊人群的用药禁忌，如孕妇早期应避免使用。
特殊人群方面，儿童肠道感染时，应优先选择相对安全的抗生素，如对于大肠杆菌肠道感染，可选用头孢地尼等相对较为安全的头孢菌素类药物，避免使用可能影响儿童骨骼发育的氟喹诺酮类药物；孕妇肠道感染时，要权衡抗生素对胎儿的影响，例如阿米巴原虫感染时，选择甲硝唑需谨慎评估利弊，尽量选择对胎儿影响较小的治疗方案；老年人肠道感染时，由于其肝肾功能可能减退，在选择抗生素时要注意药物的剂量调整以及对肝肾功能的影响，比如使用头孢菌素类药物时，要根据肌酐清除率等指标来调整用药剂量，避免药物在体内蓄积产生不良反应。
