儿童脑炎的病因包括感染因素和非感染因素。感染因素有病毒（肠道病毒、疱疹病毒、腺病毒等）、细菌（脑膜炎双球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等）、真菌（新型隐球菌、曲霉菌等）、寄生虫（弓形虫、疟原虫等）感染；非感染因素包括自身免疫性（急性播散性脑脊髓炎、其他自身免疫性脑炎）、遗传代谢性（遗传代谢病、线粒体脑病）及其他非感染性（中毒、创伤性因素）。
一、感染因素
（一）病毒感染
1.肠道病毒：是儿童脑炎常见的致病原，如柯萨奇病毒、埃可病毒等，可通过消化道传播，在夏秋季高发，儿童机体免疫力相对较低，易受其侵袭，病毒可经血液循环侵入中枢神经系统引发炎症。
2.疱疹病毒：单纯疱疹病毒Ⅰ型可引起成人脑炎，但在儿童中也有发病，可导致脑组织的坏死和炎症反应；水痘-带状疱疹病毒在儿童初次感染引起水痘后，病毒可潜伏在神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可再激活侵犯中枢神经系统引发脑炎。
3.腺病毒：可引起呼吸道感染等，部分腺病毒感染可累及中枢神经系统，导致儿童脑炎，尤其在儿童聚集的场所如幼儿园等，易造成传播。
4.其他病毒：如麻疹病毒、风疹病毒等，在儿童感染相应病毒后，病毒可向中枢神经系统扩散，引发脑炎，麻疹病毒引起的亚急性硬化性全脑炎是儿童期罕见但严重的由病毒慢性感染导致的脑炎类型。
（二）细菌感染
1.脑膜炎双球菌：是流行性脑脊髓膜炎的病原菌，儿童是易感人群之一，细菌可通过呼吸道飞沫传播，侵入人体后进入血液循环，进而累及脑膜和脑实质引起脑炎，可表现为高热、头痛、呕吐、脑膜刺激征等，病情严重时可危及生命。
2.肺炎链球菌：常引起儿童肺炎，当机体抵抗力下降时，细菌可通过血行播散至中枢神经系统，引发化脓性脑炎，在婴幼儿期由于免疫系统尚未完全发育成熟，更易感染。
3.流感嗜血杆菌：主要侵犯5岁以下儿童，可引起脑膜炎、脑炎等，是儿童细菌性脑炎的常见病原体之一，可通过呼吸道传播，儿童感染后若未及时治疗，可导致严重的神经系统后遗症。
（三）真菌感染
1.新型隐球菌：多发生于免疫功能低下的儿童，如患有先天性免疫缺陷病、长期使用免疫抑制剂等的儿童，新型隐球菌可经呼吸道侵入人体，然后播散至中枢神经系统引起脑炎，起病相对隐匿，病程较长，可表现为头痛、发热、呕吐等症状，且病情易反复。
2.曲霉菌：一般在儿童机体免疫功能严重受损时感染，如白血病、长期大剂量使用糖皮质激素治疗的儿童等，曲霉菌可通过血液循环到达中枢神经系统引发炎症。
（四）寄生虫感染
1.弓形虫：先天性弓形虫感染是儿童中枢神经系统寄生虫感染的重要原因，孕妇在孕期感染弓形虫后，可通过胎盘传给胎儿，导致胎儿脑组织受损，出生后出现脑炎相关症状；后天感染多因食用被弓形虫污染的食物或水等，寄生虫侵入人体后累及中枢神经系统。
2.疟原虫：在疟疾流行地区，儿童感染疟原虫后，疟原虫可随血液循环进入中枢神经系统，引起脑型疟疾，出现惊厥、昏迷、意识障碍等脑炎样表现，严重影响儿童的神经系统发育。
二、非感染因素
（一）自身免疫性因素
1.急性播散性脑脊髓炎：多发生在儿童感染（如麻疹、风疹、水痘等）或疫苗接种后，是一种自身免疫介导的中枢神经系统脱髓鞘疾病，机体免疫系统错误地攻击自身的神经髓鞘，导致脑和脊髓的炎症性损害，儿童在感染或接种疫苗后，免疫系统被激活，引发异常的免疫反应攻击中枢神经系统。
2.其他自身免疫性脑炎：如抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎，在儿童中也有发病，患者体内产生针对神经细胞表面受体的抗体，导致中枢神经系统炎症和功能紊乱，可出现精神行为异常、癫痫发作、意识障碍等多种临床表现。
（二）遗传代谢性因素
1.遗传代谢病：某些遗传代谢性疾病可影响儿童的神经系统发育和代谢，导致中枢神经系统出现病变，如苯丙酮尿症，由于患儿体内缺乏苯丙氨酸羟化酶，苯丙氨酸及其酮酸蓄积，影响神经系统的正常发育，可出现智力低下、癫痫发作等类似脑炎的表现；枫糖尿病是由于分支链氨基酸代谢酶缺乏，导致分支链酮酸蓄积，引起神经系统损伤，出现神经系统症状。
2.线粒体脑病：是一组由于线粒体功能异常导致的神经系统疾病，儿童期发病者可表现为癫痫发作、智能减退、运动障碍等，线粒体是细胞的能量工厂，线粒体功能异常可影响神经细胞的能量供应，导致神经细胞受损引发炎症相关的病理改变。
（三）其他非感染性因素
1.中毒：儿童误服有毒物质，如农药、灭鼠药、某些药物等，可导致中毒性脑炎，毒物可直接损害神经细胞或通过干扰神经细胞的代谢等引起中枢神经系统炎症反应，出现头痛、呕吐、抽搐、昏迷等症状；此外，一氧化碳中毒也可导致儿童脑组织缺氧，引起脑水肿和神经细胞损伤，出现类似脑炎的表现。
2.创伤性因素：头部外伤导致的颅脑损伤，可引起脑实质的损伤和炎症反应，儿童由于活动较为活泼，头部外伤的风险相对较高，如车祸伤、坠落伤等，头部受伤后可出现颅内出血、脑挫裂伤等，进而引发脑炎样的病理改变，出现相应的神经系统症状。
