腰椎间盘突出首选核磁共振检查，因其对软组织分辨率高，能清晰显示椎间盘退变、突出程度及神经受压情况，尤其适用于年轻患者、疑似椎间盘突出伴神经症状者。CT则更适合观察骨性结构，如椎间盘钙化、椎弓根情况，对老年患者或需评估椎管狭窄者可作为补充。
急诊或疑似骨折时：CT是首选，能快速明确是否合并椎体骨折、椎弓根断裂等骨性损伤，避免漏诊严重创伤。
慢性腰痛伴神经症状：MRI更优，可清晰显示椎间盘突出位置、大小及与神经关系，指导保守或手术方案选择，对马尾神经受压风险评估更准确。
老年骨质疏松患者：MRI对早期退变敏感，CT能辅助判断椎体骨质密度变化，两者结合可全面评估病情，为治疗提供依据。
孕妇或肾功能不全者：MRI无辐射且无造影剂过敏风险，优先选择；若需增强检查，CT增强需谨慎，需权衡造影剂对肾功能影响。
特殊人群：儿童及青少年因骨骼发育特点，MRI更安全；糖尿病患者需控制血糖后进行检查，避免感染风险。
