对HPV疫苗所含成分过敏者、孕期女性、急性疾病发作期者、已感染相关HPV且发病者、免疫功能严重低下人群及既往接种出现严重不良反应者通常不建议接种HPV疫苗，因前两类有过敏或安全风险，中间两类影响免疫或加重不适等，后三类接种难达效果或引发更严重反应。
一、过敏体质人群
对HPV疫苗所含成分（如酵母蛋白等）存在过敏史的人群，接种后可能发生严重过敏反应，如过敏性休克等，因此医生不建议此类人群接种。例如，有明确对疫苗中某一特定成分过敏记录的个体，再次接触可能引发危及生命的过敏事件。
二、孕期女性
孕期接种HPV疫苗的安全性尚未完全明确，目前缺乏足够的临床数据支持孕期接种的安全性。为避免可能对胎儿产生的潜在不良影响，如胚胎发育异常等，医生通常不建议孕期女性接种HPV疫苗，建议在分娩后或终止妊娠后再考虑接种。
三、急性疾病发作期
当处于急性疾病发作期，如正在高热（体温≥38.5℃）、患有严重感染性疾病等情况时，人体免疫系统处于应激状态，此时接种HPV疫苗可能影响疫苗的免疫应答效果，还可能加重机体的不适症状，故医生一般不建议在此阶段接种。
四、已感染相关HPV型别且发病者
若个体已经感染了相关型别的HPV且已经发病，如已经确诊为尖锐湿疣等由HPV引起的疾病，此时再接种针对该型别HPV的疫苗，其对已存在的感染及疾病的治疗作用有限，因此医生可能不建议接种。
五、免疫功能严重低下人群
如艾滋病患者、正在接受大剂量免疫抑制剂治疗（如器官移植后长期使用免疫抑制药物）的人群，其自身免疫功能难以有效产生针对HPV疫苗的免疫应答，接种后无法达到预期的预防效果，所以医生不建议此类人群接种。
六、既往接种HPV疫苗出现严重不良反应者
若既往接种HPV疫苗后出现过严重不良反应，如过敏性紫癜、严重神经系统不良反应等，再次接种可能再次引发类似或更严重的不良反应，基于安全考量，医生通常不建议此类人群再次接种HPV疫苗。
