甲状腺功能减退的发生有多种因素，自身免疫性疾病相关如桥本甲状腺炎等及其他自身免疫病可致；甲状腺手术或放射性碘治疗相关，手术范围大或治疗剂量不当等可引发；药物因素相关，抗甲状腺药过量或含碘药长期用可导致；先天性因素相关，甲状腺发育异常或遗传因素可造成。
其他自身免疫性疾病：如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病也可能伴随甲状腺功能减退的发生。这是因为这些自身免疫性疾病会影响机体的免疫调节机制，使得甲状腺受到牵连，导致甲状腺功能减退。例如在系统性红斑狼疮患者中，约有5%-10%会出现甲状腺功能减退的情况，其发生机制与自身抗体对甲状腺组织的损伤有关。
甲状腺手术或放射性碘治疗相关
甲状腺手术：当因甲状腺良性肿瘤（如甲状腺腺瘤等）、甲状腺恶性肿瘤等疾病进行甲状腺部分或全部切除术后，剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持机体正常的代谢需求，从而引发甲状腺功能减退。例如，甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，若没有及时补充足够的甲状腺激素，几乎都会出现甲状腺功能减退的情况。手术的范围、患者的个体差异等因素都会影响甲状腺功能减退发生的概率和严重程度，一般来说，手术范围越大，发生甲状腺功能减退的风险越高。
放射性碘治疗：常用于治疗甲状腺功能亢进症，利用放射性碘被甲状腺摄取后释放出射线破坏甲状腺组织，以减少甲状腺激素的分泌。但如果治疗剂量掌握不当或患者个体对放射性碘的敏感性不同，可能会导致甲状腺组织被过度破坏，进而引起甲状腺功能减退。有研究显示，放射性碘治疗后1年内，约有10%-20%的患者会发生甲状腺功能减退，且随着时间的推移，发生率会逐渐升高，10年后可能高达60%-70%。老年人在接受放射性碘治疗后发生甲状腺功能减退的风险相对较高，可能与老年人甲状腺组织的代偿能力较弱等因素有关。
药物因素相关
某些抗甲状腺药物：如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，在治疗甲状腺功能亢进症时，如果使用剂量过大，可能会导致甲状腺功能减退。这是因为这些药物抑制了甲状腺激素的合成过程，过量使用会使甲状腺激素的合成严重受抑，从而引发甲状腺功能减退。例如，在甲状腺功能亢进症的治疗过程中，若没有根据患者的甲状腺功能指标及时调整药物剂量，就容易出现这种情况。不同患者对药物的反应存在个体差异，一些本身甲状腺储备功能较差的患者，更易因抗甲状腺药物的使用而发生甲状腺功能减退。
其他药物：一些含碘的药物，如胺碘酮等，长期服用也可能影响甲状腺功能，导致甲状腺功能减退。胺碘酮中含有较高剂量的碘，碘是合成甲状腺激素的原料之一，长期摄入过多碘可能会干扰甲状腺激素的正常合成和调节，进而引发甲状腺功能减退。有研究发现，长期服用胺碘酮的患者中，约有15%-20%会出现甲状腺功能减退的情况，尤其是本身有甲状腺疾病易患因素的患者，如既往有甲状腺疾病史、老年人等，更容易受到影响。
先天性因素相关
甲状腺发育异常：胎儿在发育过程中，甲状腺发育出现异常，如甲状腺缺如、异位甲状腺等，会导致甲状腺无法正常合成和分泌甲状腺激素，从而在出生后就出现先天性甲状腺功能减退。这种情况在新生儿中的发生率约为1/4000-1/5000。通过新生儿疾病筛查可以早期发现先天性甲状腺功能减退，如果能及时诊断和治疗，预后相对较好；但如果延误治疗，可能会影响患儿的生长发育和智力发育。胎儿在母体中时，母亲的一些因素也可能影响甲状腺的发育，如母亲在孕期缺乏碘等营养物质，可能会增加胎儿甲状腺发育异常的风险。
遗传因素：某些遗传性疾病会导致甲状腺功能减退。例如，先天性甲状腺激素合成障碍是一组由于编码甲状腺激素合成相关酶的基因发生突变引起的遗传性疾病，患者体内存在甲状腺激素合成过程中的酶缺陷，从而影响甲状腺激素的合成，导致甲状腺功能减退。这类疾病具有一定的遗传倾向，若家族中有相关遗传病史，后代患先天性甲状腺功能减退的风险会增加。遗传因素导致的甲状腺功能减退往往在出生后不久就会表现出来，需要通过基因检测等手段明确诊断，并进行相应的治疗。
