胚胎发育不良受遗传、母体、环境及胚胎自身等多因素影响。遗传方面有染色体异常和基因缺陷；母体因素包括内分泌失调（甲状腺功能异常、黄体功能不全）、全身性疾病（糖尿病、高血压）、免疫因素（自身免疫性疾病、同种免疫异常）、营养因素（叶酸及其他营养素缺乏）；环境因素涉及化学物质暴露（有机溶剂、重金属）、物理因素（辐射、高温）；胚胎自身存在质量问题也会导致发育不良。
基因缺陷：某些单基因的缺陷也可能导致胚胎发育不良。比如一些与胚胎早期发育关键环节相关的基因发生突变，可能会影响细胞的分化、器官的形成等。这些基因缺陷可能是遗传自父母双方，也可能是在胚胎发育过程中由于各种因素导致基因突变引起的。
母体因素
内分泌失调
甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育至关重要，它参与了细胞的代谢、分化等过程。甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会影响胚胎的神经系统发育、骨骼发育等。研究表明，临床甲减孕妇所孕育的胚胎发生发育不良、流产等不良妊娠结局的风险明显高于甲状腺功能正常的孕妇。而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的正常发育进程，增加胚胎发育不良的可能性。
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对于维持子宫内膜的容受性和妊娠的顺利进行起着关键作用。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，子宫内膜不能很好地转化，不利于胚胎着床和发育。例如，有研究发现，黄体功能不全的女性妊娠后胚胎发育不良、流产的发生率较正常女性显著升高。
全身性疾病
糖尿病：患有糖尿病的孕妇，如果血糖控制不佳，高血糖环境会通过多种途径影响胚胎发育。高血糖可导致胚胎处于高渗环境，引起胚胎细胞脱水；还会干扰胚胎的糖代谢、脂肪代谢等，影响细胞的增殖和分化。长期高血糖还可能导致血管病变，影响胎盘的血流灌注，使胚胎得不到充足的营养供应，从而引发胚胎发育不良。
高血压：孕妇患有高血压时，全身小动脉痉挛，胎盘血管也会受到影响，导致胎盘血流减少，胎儿得不到足够的氧气和营养物质供应，进而影响胚胎的正常发育。严重的高血压还可能导致胎盘早剥等严重并发症，进一步加重胚胎发育不良的情况。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能会攻击胚胎组织，影响胚胎的发育。自身抗体可以通过多种机制，例如破坏胎盘血管内皮细胞，导致胎盘血液循环障碍，或者直接作用于胚胎细胞，干扰其正常的生理功能，从而引发胚胎发育不良。
同种免疫异常：孕妇和胎儿之间存在同种免疫关系，正常情况下这种免疫关系是平衡的。但如果出现同种免疫异常，例如母胎免疫识别紊乱等情况，母体的免疫系统可能会将胚胎视为“异物”进行攻击，导致胚胎发育受到影响。例如，一些反复流产的患者可能存在同种免疫方面的异常，进而影响胚胎的正常发育。
营养因素
叶酸缺乏：叶酸是参与DNA合成和细胞分裂的重要维生素。孕妇叶酸缺乏会影响胚胎神经管等的发育，增加胚胎神经管畸形以及发育不良的风险。例如，研究发现，孕前及孕早期叶酸缺乏的孕妇，其孕育的胚胎发生神经管缺陷等发育异常的概率明显高于叶酸摄入充足的孕妇。
其他营养素缺乏：蛋白质、维生素B族、铁、锌等营养素的缺乏也会对胚胎发育产生不利影响。蛋白质是细胞的重要组成成分，缺乏蛋白质会影响胚胎细胞的增殖和组织器官的构建；维生素B族参与多种代谢过程，缺乏时可能干扰胚胎的代谢途径；铁、锌等微量元素对于胚胎的生长发育、酶的活性等起着重要作用，缺乏时会影响胚胎的正常发育进程。
环境因素
化学物质暴露
有机溶剂：长期接触有机溶剂，如苯、甲苯等，可能会对胚胎发育产生不良影响。这些化学物质可以通过呼吸道、皮肤等途径进入人体，干扰胚胎细胞的DNA合成、蛋白质合成等过程，影响胚胎的正常分化和发育。例如，在一些接触有机溶剂的工作环境中，孕妇的胚胎发育不良、流产等风险会增加。
重金属：铅、汞等重金属也是常见的对胚胎发育有不良影响的化学物质。孕妇接触重金属后，重金属可以通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的神经系统发育、造血系统发育等。例如，长期生活在铅污染环境中的孕妇，其胎儿出现智力发育迟缓、胚胎发育不良等情况的风险较高。
物理因素
辐射：孕妇受到过量的辐射，如X射线、γ射线等，会对胚胎造成损害。辐射可以引起胚胎细胞的染色体断裂、基因突变等，影响胚胎的正常发育。例如，在进行放射性检查时，如果防护不当，孕妇腹部受到一定剂量的辐射，就可能导致胚胎发育不良甚至流产。一般来说，孕妇应尽量避免不必要的辐射暴露，特别是在怀孕早期胚胎发育的关键时期。
高温：长期处于高温环境中，例如长时间泡热水澡、蒸桑拿等，会影响精子和卵子的质量，并且不利于胚胎在子宫内的着床和发育。高温环境会干扰细胞的代谢过程，影响胚胎的生长环境，增加胚胎发育不良的风险。
胚胎自身因素
胚胎质量问题：即使在受孕过程中精子和卵子结合形成了受精卵，但胚胎自身可能存在质量问题。例如，受精卵在分裂、分化过程中出现异常，细胞分裂不同步，或者细胞结构异常等。这种胚胎自身的质量缺陷会导致其无法正常发育成健康的胎儿，容易出现胚胎发育不良的情况。这可能与精子或卵子在形成过程中受到各种因素影响有关，如精子的DNA完整性、卵子的成熟度等，都会影响受精卵的质量，进而影响胚胎的后续发育。
