盐酸氟桂利嗪有神经系统、代谢、消化系统等相关副作用，包括嗜睡疲惫、锥体外系反应、体重增加、胃肠道不适、皮疹等，孕妇哺乳期妇女慎用，肝肾功能不全者慎用。
锥体外系反应：较少见但也有发生，表现为震颤、静坐不能、肌张力增高、运动迟缓等，这与药物影响多巴胺能神经系统有关，一般在长期大剂量使用时更易出现，儿童由于神经系统发育尚不完善，使用时发生锥体外系反应的风险相对成人可能更高，需谨慎评估使用。
代谢相关副作用
体重增加：部分患者使用后可能出现体重增加的情况，机制可能与药物影响食欲及代谢有关，具体发生率约为2%-5%左右，对于本身有超重或肥胖风险的人群，使用该药物时需关注体重变化，适当调整饮食和运动等生活方式。
消化系统相关副作用
胃肠道不适：可能引起胃部不适，如恶心、胃痛、食欲减退等，发生率约为3%-8%，一般症状较轻，但对于有胃肠道基础疾病的患者，如胃溃疡患者，可能会加重原有病情，需密切观察。
其他副作用
皮疹：少数患者可能出现皮疹等过敏反应，发生率较低，约为1%左右，若出现皮疹等过敏表现，应立即停药并就医。
特殊人群方面，孕妇及哺乳期妇女应慎用盐酸氟桂利嗪，因为目前关于其对胎儿和婴儿的安全性研究尚不充分，可能存在潜在风险；肝肾功能不全者使用时需谨慎，由于药物主要通过肝肾代谢，肝肾功能不全可能影响药物的代谢和排泄，导致药物在体内蓄积，增加副作用发生的风险。
