曲安奈德鼻喷剂有局部和全身不良反应，局部可致鼻腔刺激、鼻出血，全身可致肾上腺皮质功能抑制、影响儿童生长发育，特殊人群中儿童更易受影响，孕妇、哺乳期妇女及有肾上腺皮质功能减退史患者使用需谨慎。
鼻出血：少数患者可能出现鼻出血情况，这与药物对鼻黏膜的影响有关，长期或不当使用可能破坏鼻黏膜的正常结构和功能，导致血管容易破裂出血。
全身不良反应
肾上腺皮质功能抑制：长期大剂量使用曲安奈德鼻喷剂可能影响下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴），导致肾上腺皮质功能受到抑制。虽然鼻喷剂全身吸收量相对较少，但对于儿童等特殊人群，由于其下丘脑-垂体-肾上腺轴发育尚未完善，更容易受到影响。有研究表明，长期使用较高剂量鼻用糖皮质激素可能使血浆皮质醇水平降低，影响机体的应激能力。
生长发育影响：儿童长期使用曲安奈德鼻喷剂可能影响生长发育。儿童处于生长发育阶段，HPA轴功能相对脆弱，曲安奈德鼻喷剂经鼻黏膜吸收后可能对生长激素的分泌等产生一定影响。有临床观察发现，长期使用鼻用糖皮质激素的儿童，其身高增长速度可能较正常儿童有所减慢。
特殊人群相关危害
儿童：儿童鼻腔黏膜较娇嫩，且下丘脑-垂体-肾上腺轴未发育成熟，使用曲安奈德鼻喷剂时更易出现上述全身和局部不良反应。应严格遵循医嘱，尽量使用最低有效剂量，且使用时间不宜过长。例如，对于3岁以下儿童，应谨慎使用，只有在利大于弊时才考虑使用，并密切监测儿童的生长发育情况，如身高、体重等指标。
孕妇及哺乳期妇女：孕妇使用曲安奈德鼻喷剂需谨慎，虽然鼻喷剂全身吸收少，但目前关于其对胎儿影响的研究有限。哺乳期妇女使用时，药物可能通过乳汁传递给婴儿，也需要权衡利弊，在医生指导下使用。
有肾上腺皮质功能减退史患者：这类患者本身肾上腺皮质功能较差，使用曲安奈德鼻喷剂可能进一步抑制肾上腺皮质功能，加重病情，应避免使用或在医生严格评估下谨慎使用。
