呋喃妥因有多种常见副作用，包括较为常见的胃肠道反应（约10%-20%患者出现，刺激胃肠道黏膜，可能加重胃肠道基础疾病患者病情）、相对少见的血液系统反应（发生率约1%左右，长期或大剂量使用易致血细胞生成异常，血液系统基础疾病患者需谨慎并定期监测血常规）、部分患者可能出现的神经系统反应（如头痛、头晕、嗜睡，少数有周围神经炎，神经系统基础疾病患者需评估风险）、与个体过敏体质相关的过敏反应（可表现为皮疹等，严重时过敏休克，有过敏史患者需警惕）以及偶发的肺部反应（可致药物性肺炎，表现为咳嗽等，肺部基础疾病患者需关注肺部症状）。
血液系统反应：可能引起粒细胞减少、血小板减少等。不过相对较少见，有文献报道其发生率约为1%左右。长期或大剂量使用时更易出现，这是由于呋喃妥因可能影响骨髓造血功能，导致血细胞生成异常。对于有血液系统基础疾病的患者，如再生障碍性贫血患者，使用呋喃妥因需格外谨慎，用药过程中应定期监测血常规。
神经系统反应：部分患者可能出现头痛、头晕、嗜睡等症状，少数情况下还可能出现周围神经炎。周围神经炎的发生机制可能与药物干扰神经细胞的代谢有关，其发生率相对较低，但一旦发生可能会对患者的生活质量产生较大影响。对于存在神经系统基础疾病的患者，如帕金森病患者，使用呋喃妥因需评估风险，若出现神经系统相关症状应及时就医。
过敏反应：可表现为皮疹、瘙痒、药物热等，严重时可能出现过敏性休克。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，发生率因个体差异有所不同。有过敏史的患者使用呋喃妥因需特别警惕，用药过程中要密切观察自身症状，一旦出现过敏相关表现应立即停药并采取相应治疗措施。
肺部反应：偶可引起药物性肺炎，表现为咳嗽、呼吸困难、发热等。其发生机制尚不十分明确，可能与机体的免疫反应有关。对于有肺部基础疾病的患者，如慢性阻塞性肺疾病患者，使用呋喃妥因后需关注肺部症状变化，若出现上述肺部相关表现应及时排查是否为药物性肺炎。
