中药可通过外治法（熏洗法、外敷法）和内服法（辨证论治）治疗尖锐湿疣，目前临床上常采用中西医结合治疗，治疗时需考虑不同年龄、性别患者的特点，儿童用药和治疗后护理等需更谨慎。
中药外治法
中药熏洗法：常用的中药方剂有板蓝根、大青叶、马齿苋、木贼草、紫草、生薏苡仁等，将这些药物加水煎煮后，利用药液的蒸汽熏蒸患处，然后再进行熏洗。通过药物的温热刺激和药力作用，起到清热解毒、燥湿散结的作用。例如有研究显示，中药熏洗方对尖锐湿疣局部病变有一定的改善作用，能减轻疣体症状。熏洗时需注意温度适宜，避免烫伤，对于儿童等特殊人群要特别小心控制温度和操作过程。
中药外敷法：可选用鸦胆子仁等药物，将鸦胆子仁捣烂成泥状后外敷于疣体表面，用纱布覆盖固定。鸦胆子具有清热解毒、腐蚀赘疣的作用，但外敷时要注意保护周围正常皮肤，避免对正常皮肤造成损伤。对于皮肤敏感的人群，尤其是儿童，使用时更要谨慎，防止引起过敏等不良反应。
中药内服法
辨证论治：根据患者的不同证型进行用药。如湿热下注证，常见症状有疣体湿润柔软、色红，伴瘙痒、小便黄赤等，治疗可选用萆薢渗湿汤加减，药物包括萆薢、薏苡仁、黄柏、茯苓、丹皮、泽泻、滑石、通草等，起到清热利湿解毒的作用；若为湿热毒蕴证，疣体较大、质硬，色污灰或暗红，伴疼痛等，可选用黄连解毒汤加减，以清热解毒散结。内服中药需根据个体的病情、体质等因素进行辨证用药，不同年龄、性别患者在用药时要考虑其生理特点，儿童用药需更加谨慎，要根据体重等因素调整用药思路，但一般不建议儿童过早使用成人剂量的内服中药。
中西医结合治疗
目前临床上常采用中西医结合的方法治疗尖锐湿疣，在去除疣体等西医治疗（如激光、冷冻等）的同时，配合中药治疗。中药可以调节机体的免疫功能，减少尖锐湿疣的复发。例如在激光治疗后，使用中药促进创面愈合，同时提高机体免疫力，降低复发风险。对于不同年龄、性别患者，在中西医结合治疗时要综合考虑其整体状况，儿童在激光等有创治疗后，要特别注意创面的护理和中药调节免疫的应用，以促进康复并减少复发。
