奥利司他可致胃肠道相关不良反应如油性斑点、胃肠排气增多等，还会因减少脂肪吸收致脂溶性维生素缺乏，也有上呼吸道感染、头痛、月经失调等其他系统副作用，孕妇禁用，哺乳期女性不建议使用，肝肾功能不全者需谨慎使用，儿童不建议使用。
一、胃肠道相关副作用
奥利司他通过抑制胃肠道脂肪酶发挥作用，会导致胃肠道相关不良反应较为常见。例如出现油性斑点，这是由于未被消化的脂肪随粪便排出，接触皮肤所致；胃肠排气增多，表现为排气次数较以往增加；还可能出现大便紧急感、脂肪（油）性大便、脂肪泻、大便次数增多以及大便失禁等情况，主要是因为药物影响了脂肪的正常消化吸收过程，使得过多未消化的脂肪排出体外，刺激肠道引起相应症状。
二、脂溶性维生素缺乏相关副作用
由于奥利司他会减少脂肪吸收，而脂溶性维生素（如维生素A、D、E等）的吸收依赖于脂肪，长期使用可能导致脂溶性维生素缺乏。比如维生素A缺乏可能引起夜盲症、皮肤干燥等；维生素D缺乏可能影响钙的吸收，导致骨质疏松等；维生素E缺乏可能影响神经系统功能等，但一般在正常剂量短期使用时，通过合理补充脂溶性维生素可一定程度预防此类缺乏情况，但仍需关注长期使用风险。
三、其他系统副作用
还可能出现上呼吸道感染、头痛、月经失调等情况。上呼吸道感染可能与药物使用后机体免疫力等方面的细微变化有关；头痛原因尚不明确，但有部分使用者会出现该症状；月经失调可能是药物影响了体内激素代谢或其他生理过程所致。
四、特殊人群注意事项
孕妇：禁用奥利司他胶囊，因为目前有研究提示其可能对胎儿产生不良影响，缺乏足够的安全性证据支持孕妇使用。
哺乳期女性：不建议使用，药物可能通过乳汁传递给婴儿，对婴儿的生长发育等产生未知影响。
肝肾功能不全者：需谨慎使用，奥利司他主要通过肝脏代谢、肾脏排泄，肝肾功能不全者可能影响药物的正常代谢和排泄，增加药物蓄积风险及不良反应发生概率，使用前需由医生评估获益与风险比。
儿童：不建议使用奥利司他胶囊，其安全性和有效性在儿童群体中尚未得到充分临床验证，从儿科安全护理原则出发，低龄儿童使用风险较高，应优先考虑非药物干预来控制体重等相关问题。
