糠酸莫米松鼻喷雾剂有局部不良反应如鼻喉部干燥等，儿童用药需谨慎，可能影响HPA轴功能，成年患者全身性不良反应较少见，与其他药物联用可能有相互作用风险，有特殊病史患者使用需谨慎。
全身性不良反应
儿童用药需谨慎：低龄儿童使用糠酸莫米松鼻喷雾剂时需格外注意全身性影响。因为儿童的身体各系统发育尚未完全成熟，药物的全身吸收可能对其生长发育等产生潜在影响。目前有研究提示，长期或过量使用可能会干扰下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）功能，虽然在常规短期、适量使用时这种影响发生概率较低，但对于儿童这个特殊群体，仍需密切关注。例如，在一些针对儿童鼻炎使用糖皮质激素鼻喷雾剂的研究中发现，偶尔会有极个别儿童在使用后出现HPA轴功能轻度受影响的情况，但通常是在不合理使用的情况下发生。
成年患者的潜在影响：成年患者一般情况下全身性不良反应相对较少见，但也有个别报道显示可能出现头痛等情况。不过整体而言，成年患者在正确使用规范剂量的糠酸莫米松鼻喷雾剂时，全身性不良反应发生概率较低，但仍需根据自身情况密切观察身体反应。
与其他药物或因素的相互作用相关危害
与其他药物联用的风险：如果同时使用其他药物，可能会发生药物相互作用从而带来危害。例如，与某些肝酶诱导剂或抑制剂联用可能会影响糠酸莫米松的代谢，进而改变其在体内的血药浓度，可能增加不良反应发生的风险或者降低药物疗效。但这种相互作用的具体情况较为复杂，需要根据具体联用药物来具体分析。对于有基础疾病需要同时使用多种药物的患者，在使用糠酸莫米松鼻喷雾剂前，应告知医生正在使用的其他药物，以便医生评估可能存在的相互作用风险。
特殊病史患者的风险：对于有肾上腺功能减退等病史的患者，使用糠酸莫米松鼻喷雾剂时需要特别谨慎。因为糠酸莫米松属于糖皮质激素类药物，可能会对肾上腺功能产生一定影响，有肾上腺功能减退病史的患者使用后可能会进一步干扰自身的肾上腺功能调节，导致病情波动等不良后果。而对于有鼻部感染性疾病的患者，使用该鼻喷雾剂时也需要注意，因为如果存在鼻部感染，使用糖皮质激素鼻喷雾剂可能会掩盖感染症状或者导致感染扩散等情况，所以需要在医生的严格评估下使用。
