阿莫西林可能引发过敏反应（与个体过敏体质相关有青霉素类药物过敏史者风险更高儿童等特殊人群更隐匿危险）、导致胃肠道反应（成年人有发生率儿童因胃肠道功能不同更易出现如婴幼儿吃奶减少呕吐频繁等）、造成肝肾功能损害（长期或大剂量使用可影响肝肾正常剂量短时间使用肝肾损害发生率低肝肾功能不全及儿童使用需密切关注）、引起菌群失调（作为广谱抗生素破坏肠道正常菌群平衡老年人因肠道菌群脆弱易出现儿童菌群失调影响消化吸收及肠道健康进而影响生长发育）。
阿莫西林可能引发过敏反应，轻者表现为皮疹、瘙痒等，严重时可出现过敏性休克，这是较为严重的危害。有研究显示，在使用阿莫西林的人群中，约有一定比例存在发生过敏反应的风险，且过敏反应的发生与个体的过敏体质相关，有青霉素类药物过敏史的人群使用阿莫西林时发生过敏的风险更高。对于儿童等特殊人群，由于其免疫系统发育尚不完善，过敏反应可能更为隐匿且危险，需格外警惕。
胃肠道反应
服用阿莫西林后可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等症状。这是因为阿莫西林在肠道内被吸收的过程中可能影响胃肠道正常的消化功能。一般来说，成年人服用后胃肠道反应的发生率有一定数据，而儿童由于胃肠道功能与成年人不同，更容易受到药物影响出现胃肠道不适，例如婴幼儿可能表现为吃奶减少、呕吐频繁等情况。
肝肾功能损害
长期或大剂量使用阿莫西林可能对肝肾功能产生一定影响。药物需要经过肝脏代谢和肾脏排泄，过量或长期使用可能加重肝肾负担。虽然正常剂量短时间使用时肝肾损害的发生率较低，但对于本身肝肾功能不全的患者，如患有慢性肝病、肾病的人群，使用阿莫西林时需要密切监测肝肾功能，因为他们的肝肾对药物的代谢和排泄能力下降，更容易出现肝肾功能异常。儿童处于生长发育阶段，肝肾功能还未完全成熟，使用阿莫西林时更要关注对其肝肾功能的潜在影响，避免因药物使用导致肝肾损害。
菌群失调
阿莫西林属于广谱抗生素，在杀灭致病细菌的同时，也可能破坏肠道内正常的菌群平衡，导致菌群失调。肠道正常菌群对于维持肠道的正常功能至关重要，菌群失调可能引起腹泻加重、念珠菌过度生长等问题。老年人由于肠道菌群本身相对脆弱，使用阿莫西林后更容易出现菌群失调的情况；儿童肠道菌群处于不断建立和完善的过程中，菌群失调可能影响其消化吸收功能和肠道健康，进而影响生长发育。
