双胍类药物有多种副作用，包括胃肠道反应（约10%-20%患者出现，刺激黏膜，加重基础疾病或让生活方式不健康的年轻患者更明显）、罕见但肾功能不全等情况易引发的乳酸酸中毒（老年、有慢性肾病及长期大量饮酒者风险高）、长期使用可致的维生素B12缺乏（不同年龄影响不同，孕期哺乳期女性还影响胎儿婴儿）、单独用不致低血糖但与其他降糖药联用会增加风险（不同性别和生活方式人群表现影响异，有低血糖史者需密切监测）
乳酸酸中毒
虽然较为罕见，但双胍类药物可能引发乳酸酸中毒。这是因为双胍类药物主要通过肾脏排泄，当患者存在肾功能不全时，药物排泄受阻，体内乳酸堆积，就容易发生乳酸酸中毒。对于老年患者，由于随着年龄增长肾功能逐渐减退，发生乳酸酸中毒的风险相对较高；患有慢性疾病如糖尿病肾病等的患者，本身肾功能已有一定损害，使用双胍类药物时需格外谨慎评估；此外，长期大量饮酒的患者，酒精会影响机体代谢，也可能增加乳酸酸中毒的发生风险，因为酒精代谢过程会干扰乳酸的代谢平衡。
维生素B12缺乏
长期使用双胍类药物可能影响维生素B12的吸收，导致维生素B12缺乏。维生素B12缺乏会引起贫血、神经系统损害等问题。对于不同年龄的患者，影响程度有所不同。年轻患者如果长期缺乏维生素B12，可能会出现神经系统早期的轻微症状，如手脚麻木等，但容易被忽视；老年患者缺乏维生素B12时，更易出现贫血、记忆力减退等较为明显的症状，因为老年人本身身体机能衰退，对营养物质的吸收和利用能力下降，一旦缺乏维生素B12，对身体各系统的影响会更突出；女性患者在孕期或哺乳期如果缺乏维生素B12，不仅会影响自身健康，还可能对胎儿或婴儿的神经系统发育产生不良影响。
低血糖风险
单独使用双胍类药物一般不会引起低血糖，但与其他降糖药物如胰岛素、磺酰脲类药物联用时，可能会增加低血糖的发生风险。对于不同性别和生活方式的人群，发生低血糖的表现和影响有所差异。女性患者可能在低血糖时更容易出现心慌、手抖等较为典型的交感神经兴奋症状；而生活方式不规律、饮食摄入不足的患者，在联用时发生低血糖的风险相对更高，因为其自身血糖调节的稳定性较差，当与双胍类药物联用时，血糖更容易出现波动而导致低血糖。对于有病史的患者，如既往有低血糖发作史的患者，在联用药物时需要密切监测血糖，预防低血糖的发生。
