磷酸氢钙可能有多种副作用，包括引起胃肠道不适如儿童和老年人易便秘、长期过量服用便秘概率增；长期大量服用增加肾结石风险，泌尿系统疾病史和水分摄入不足者风险更高；影响铁、锌等矿物质吸收，对儿童生长发育和孕妇健康不利；长期大剂量使用可能对心血管系统有潜在影响，心血管疾病风险因素人群需密切关注；个别人可能发生过敏反应，有药物过敏史者需警惕，用药中出现过敏症状应立即停药就医。
肾结石风险相关副作用
长期大量服用磷酸氢钙可能增加肾结石形成的风险。钙的过量摄入会使尿液中钙的浓度升高，当超过尿液的饱和浓度时，就容易析出形成结晶，进而可能发展为肾结石。对于本身有泌尿系统疾病史的人群，如曾经有过泌尿系统结石的患者，使用磷酸氢钙时需要更加谨慎，因为他们发生肾结石的基础风险可能更高。此外，一些特定生活方式的人群，例如水分摄入不足的人，在服用磷酸氢钙时，肾结石的发生风险也会相应增加，因为充足的水分摄入有助于稀释尿液中的钙浓度，减少结晶形成的机会。
影响其他矿物质吸收的副作用
磷酸氢钙中的钙可能与其他矿物质的吸收产生相互作用，例如影响铁、锌等矿物质的吸收。钙与铁会在胃肠道内形成不溶性复合物，从而降低铁的吸收率；同样，钙也会影响锌的吸收过程。对于儿童来说，他们处于生长发育阶段，对铁、锌等矿物质的需求量相对较大，若同时服用磷酸氢钙，可能会影响这些矿物质的正常吸收，进而影响儿童的生长发育，如导致缺铁性贫血、影响智力发育和生长迟缓等；对于孕妇，在孕期需要充足的铁、锌等矿物质来满足自身和胎儿的需求，若服用磷酸氢钙不当，也可能影响这些矿物质的吸收，对孕妇和胎儿的健康产生不利影响。
对心血管系统的潜在影响（长期大剂量使用）
有研究表明，长期大剂量服用磷酸氢钙可能对心血管系统产生潜在影响，例如可能增加心血管疾病的发生风险。这可能与钙代谢异常影响血管的弹性和功能有关。对于本身有心血管疾病风险因素的人群，如高血压患者、有家族心血管疾病史的人，使用磷酸氢钙时需要密切关注心血管系统的变化，因为他们可能更容易受到磷酸氢钙对心血管系统潜在影响的干扰。
过敏反应相关副作用
虽然相对较少见，但个别人可能对磷酸氢钙发生过敏反应。过敏反应的表现可能包括皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状。对于有药物过敏史的人群，在使用含有磷酸氢钙的制剂时需要特别警惕过敏反应的发生，在用药前应详细告知医生自己的过敏史，以便医生评估用药风险。如果在用药过程中出现过敏相关症状，应立即停药并及时就医。
