新生儿流行性腹泻治疗包括支持治疗，如维持水电解质平衡和营养支持；病因治疗，病毒感染以对症支持为主，细菌感染选敏感抗生素且谨慎；对症治疗，严重腹泻可谨慎用止泻药，用微生态调节剂调肠道菌群，同时新生儿治疗中要密切观察、严格用药、注意母亲和臀部护理等。
一、支持治疗
维持水电解质平衡：密切监测新生儿的体液状况，包括尿量、皮肤弹性、前囟饱满度等。根据脱水程度补充合适的液体，如轻度脱水可口服补液盐，中、重度脱水则需静脉补液，纠正水、电解质及酸碱平衡紊乱。新生儿肾功能尚未完全成熟，补液时要严格控制补液速度和补液量，避免加重心脏和肾脏负担。
营养支持：保证新生儿充足的营养供给，能吸吮的尽量母乳喂养，母乳中含有丰富的免疫球蛋白和营养成分，有助于增强新生儿免疫力并提供生长所需营养。对于不能吸吮或吸吮力弱的新生儿，可通过鼻饲等方式给予适当的配方奶或肠内营养制剂，保证热量、蛋白质、维生素等营养素的摄入，以维持新生儿的生长发育和机体正常功能。
二、病因治疗
病毒感染相关治疗：如果是病毒感染引起的新生儿流行性腹泻，目前尚无特效的抗病毒药物，主要还是以对症支持治疗为主。例如轮状病毒感染较为常见，需加强护理，密切观察病情变化。
细菌感染相关治疗：若是细菌感染导致的腹泻，需根据病原菌的种类选用敏感抗生素。但新生儿使用抗生素要非常谨慎，严格掌握用药指征，依据药敏试验结果选择合适的抗生素，同时注意药物的毒副作用，尤其是对肝肾功能的影响。
三、对症治疗
止泻治疗：对于腹泻症状较严重的新生儿，可在医生评估后谨慎使用一些具有止泻作用的药物，但需避免使用对新生儿胃肠道刺激大或可能影响其生长发育的药物。可考虑使用肠道黏膜保护剂，如蒙脱石散等，其通过吸附肠道内的病原体和毒素，起到一定的止泻作用，且相对较为安全。
微生态调节剂：可使用微生态调节剂来调节新生儿肠道菌群，如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等制剂，有助于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制病原菌的定植和侵袭，促进肠道功能的恢复。但要注意微生态调节剂的使用需与抗生素使用间隔一定时间，避免影响其疗效。
特殊人群（新生儿）温馨提示
新生儿各器官功能发育尚未成熟，在治疗过程中要格外注意。医护人员和家属要密切观察新生儿的一般情况，包括精神状态、体温、呼吸等。严格遵循儿科安全护理原则，在使用任何药物时都要仔细核对剂量和适应证，避免错误用药。对于母乳喂养的新生儿，母亲要注意自身的饮食卫生和营养状况，以保证母乳的质量。同时，要保持新生儿臀部清洁干燥，及时更换尿布，预防尿布疹的发生。
