甲氨蝶呤有血液系统方面可致白细胞减少、血小板减少、贫血，消化系统方面有恶心呕吐、口腔黏膜炎、肝功能损害，泌尿系统方面可致肾功能损害，生殖系统方面对女性致月经紊乱、影响卵巢功能，对男性影响精子生成质量，皮肤方面有皮疹、脱发，儿童使用需谨慎、老年人易发生副作用、孕妇禁用、有基础疾病患者需更谨慎使用且用药过程中要密切监测相关指标。
血液系统方面
白细胞减少：甲氨蝶呤可能抑制骨髓造血功能，导致白细胞数量降低。研究表明，使用甲氨蝶呤治疗的患者中，约有一定比例会出现不同程度的白细胞减少情况。白细胞是人体免疫系统的重要组成部分，白细胞减少会使患者抵抗力下降，更容易发生感染，如呼吸道感染等，表现为发热、咳嗽、咳痰等症状。
血小板减少：还可能引起血小板减少，血小板参与凝血过程，血小板减少会导致患者出现出血倾向，常见的有皮肤瘀点、瘀斑，牙龈出血，严重时可能出现消化道出血、鼻出血等，消化道出血可表现为呕血、黑便等。
贫血：长期使用甲氨蝶呤可能影响红细胞的生成，导致贫血，患者会出现面色苍白、乏力、头晕等症状，活动后症状可能加重。
消化系统方面
恶心、呕吐：是较为常见的副作用之一，使用甲氨蝶呤后，约有相当比例的患者会出现恶心、呕吐症状，这可能影响患者的进食和营养摄入。其发生机制可能与药物刺激胃肠道黏膜，引起胃肠道反应有关。
口腔黏膜炎：部分患者会出现口腔黏膜炎，表现为口腔黏膜充血、溃疡、疼痛等，这会影响患者的进食和口腔卫生，严重时可能导致患者不敢进食，进一步加重营养问题。
肝功能损害：甲氨蝶呤可能对肝脏造成损害，导致肝功能指标异常，如转氨酶升高等。长期或大剂量使用甲氨蝶呤时，需要密切监测肝功能，因为肝功能损害可能会影响药物的代谢和患者的整体健康状况。
泌尿系统方面
肾功能损害：大剂量使用甲氨蝶呤时，可能会对肾脏造成损害，引起肾功能异常，如肌酐升高、尿素氮升高等。这是因为甲氨蝶呤的代谢产物可能对肾脏有一定的毒性作用，尤其在患者脱水、血容量不足等情况下，更容易发生肾功能损害。
生殖系统方面
对女性生殖的影响：对于女性患者，甲氨蝶呤可能影响生殖系统，导致月经紊乱，如月经周期改变、月经量减少或增多等。长期使用还可能对卵巢功能产生影响，影响生育能力，增加不孕或胎儿畸形的风险。
对男性生殖的影响：男性患者使用甲氨蝶呤后，可能会影响精子的生成和质量，导致精子数量减少、活力降低等，从而影响生育功能。
皮肤方面
皮疹：部分患者在使用甲氨蝶呤后会出现皮疹，皮疹的表现形式多样，可能是红斑、丘疹等。皮疹的出现可能会引起患者皮肤瘙痒等不适症状，影响患者的生活质量。
脱发：也有患者会出现脱发的情况，头发变得稀疏，这可能会对患者的外观产生一定影响，给患者带来心理压力。
特殊人群注意事项
儿童：儿童使用甲氨蝶呤需要特别谨慎，因为儿童对药物的耐受性和反应与成人不同。儿童使用甲氨蝶呤可能会面临更高的副作用风险，如更严重的血液系统抑制等，且儿童的生长发育尚未完全成熟，药物对其潜在的长期影响需要密切关注。在使用甲氨蝶呤前，需要充分评估儿童的病情和身体状况，严格掌握用药指征。
老年人：老年人的肝肾功能通常有所减退，使用甲氨蝶呤时更容易发生副作用，如肝肾功能损害的风险增加。老年人在使用甲氨蝶呤过程中，需要更加密切地监测肝肾功能、血常规等指标，根据老年人的身体状况调整用药方案，以减少副作用的发生。
孕妇：孕妇禁用甲氨蝶呤，因为甲氨蝶呤会通过胎盘影响胎儿发育，导致胎儿畸形、流产等严重后果。
有基础疾病的患者：对于本身患有肝脏疾病、肾脏疾病、血液系统疾病等基础疾病的患者，使用甲氨蝶呤时需要更加谨慎。例如，本身有肝脏疾病的患者使用甲氨蝶呤更容易出现肝功能损害加重的情况；有肾脏疾病的患者使用甲氨蝶呤发生肾功能损害的风险更高。在使用甲氨蝶呤前，需要对患者的基础疾病进行全面评估，并在用药过程中密切监测相关指标，根据患者的具体情况调整治疗方案。
