新生儿甲状腺功能低下可由多种因素引起，包括甲状腺发育异常（如甲状腺不发育或发育不全、甲状腺异位）、甲状腺激素合成途径缺陷（如碘转运障碍、过氧化物酶缺陷、碘化酪氨酸偶联障碍）、促甲状腺激素（TSH）缺乏（如下丘脑-垂体发育异常、下丘脑-垂体激素分泌缺陷）以及母亲因素（如母亲自身甲状腺疾病、母亲服用抗甲状腺药物、母亲孕期碘摄入异常）。
一、甲状腺发育异常
1.甲状腺不发育或发育不全：这是新生儿甲状腺功能低下较为常见的原因之一。从胚胎发育角度来看，甲状腺的正常发育依赖于多种基因的精确调控以及正常的胚胎发育过程。如果在胚胎时期，甲状腺原基未能正常从舌根部迁移至颈部正常位置，或者迁移过程出现异常导致甲状腺组织发育不全，就会使甲状腺无法正常合成和分泌甲状腺激素。这种情况在女婴中的发生率相对可能略高于男婴，且与母亲的一些妊娠情况可能存在关联，比如母亲在妊娠期间接触某些可能影响甲状腺发育的因素等。
2.甲状腺异位：甲状腺异位是指甲状腺组织没有位于颈部正常位置，而是异位生长在其他部位，如舌根部、纵隔等。由于异位的甲状腺组织功能可能存在缺陷，或者其所处环境不利于甲状腺激素的正常合成与分泌，从而导致甲状腺激素分泌不足，引发新生儿甲状腺功能低下。
二、甲状腺激素合成途径缺陷
1.碘转运障碍：甲状腺激素的合成需要碘的参与，碘的转运是甲状腺激素合成的第一步。如果甲状腺细胞膜上的碘转运体出现功能异常，导致碘不能正常转运进入甲状腺细胞内，就会影响甲状腺激素的合成。这种情况与遗传因素有关，是由于相关基因发生突变导致碘转运体功能异常，不同性别在发病上没有明显的特异性差异，但与家族遗传病史有密切关系，如果家族中有相关遗传病史，新生儿发生甲状腺激素合成途径中碘转运障碍导致甲状腺功能低下的风险会增加。
2.过氧化物酶缺陷：过氧化物酶在甲状腺激素合成过程中起着催化碘的活化以及酪氨酸碘化等重要作用。当过氧化物酶出现缺陷时，碘的活化以及酪氨酸碘化过程受阻，进而影响甲状腺激素的合成。这也是由遗传基因突变引起的，其发生与性别无关，但家族中有相关基因突变携带史的新生儿患病风险较高。
3.碘化酪氨酸偶联障碍：在甲状腺激素合成中，碘化酪氨酸的偶联过程需要特定的酶参与，如果参与碘化酪氨酸偶联的酶出现缺陷，会导致碘化酪氨酸不能正常偶联形成甲状腺激素前体，从而使甲状腺激素合成不足，引发新生儿甲状腺功能低下，同样与遗传因素相关，有家族遗传病史的新生儿更易发生。
三、促甲状腺激素（TSH）缺乏
1.下丘脑-垂体发育异常：下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素（TRH），TRH作用于垂体使其分泌TSH，TSH再作用于甲状腺促进甲状腺激素的合成与分泌。如果下丘脑或垂体在胚胎发育过程中出现发育异常，比如下丘脑TRH分泌细胞发育不全或者垂体TSH分泌细胞发育异常，就会导致TSH分泌不足，进而影响甲状腺激素的分泌。这种情况在新生儿中的发生与胚胎发育时期的多种因素有关，如母亲在妊娠早期感染某些病毒等，男女婴发生风险无明显差异，但有家族遗传倾向或母亲妊娠早期不良接触史的新生儿患病风险升高。
2.下丘脑-垂体激素分泌缺陷：除了发育异常外，下丘脑-垂体还可能存在激素分泌的先天性缺陷，导致TRH或TSH分泌量不足。例如，某些基因缺陷可导致TRH或TSH的合成出现问题，使得分泌到血液中的TRH或TSH量不足以刺激甲状腺正常分泌甲状腺激素，从而引发新生儿甲状腺功能低下，其发生与遗传因素密切相关，家族中有相关激素分泌缺陷病史的新生儿患病风险增加。
四、母亲因素
1.母亲自身甲状腺疾病：如果母亲在妊娠期间患有自身免疫性甲状腺疾病，如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎）等，母亲体内的自身抗体可能通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿的甲状腺组织，影响胎儿甲状腺激素的合成。这种情况在母亲患有自身免疫性甲状腺疾病且病情未得到有效控制时，新生儿发生甲状腺功能低下的风险会显著升高，男女婴发生风险无明显差异，但母亲的甲状腺疾病控制情况是关键影响因素。
2.母亲服用抗甲状腺药物：母亲在妊娠期间如果因自身疾病需要服用抗甲状腺药物来治疗甲状腺功能亢进等疾病，这些药物有可能通过胎盘影响胎儿的甲状腺功能，抑制胎儿甲状腺激素的合成，从而导致新生儿甲状腺功能低下。不同抗甲状腺药物对胎儿的影响程度可能有所不同，但总体来说，母亲在妊娠期间不合理使用抗甲状腺药物会增加新生儿发生甲状腺功能低下的风险，且与药物的种类、剂量以及用药时间等因素有关，与新生儿性别无明显关联。
3.母亲孕期碘摄入异常：碘是甲状腺激素合成的必需原料，母亲孕期碘摄入不足或过多都可能影响胎儿甲状腺功能。碘摄入不足时，胎儿甲状腺激素合成原料缺乏，导致合成不足；而碘摄入过多也可能干扰甲状腺激素的正常合成与调节机制，从而增加新生儿甲状腺功能低下的发生风险。母亲孕期碘摄入情况受其居住地区碘营养状况、饮食结构等因素影响，不同地区的母亲碘摄入情况差异较大，进而影响新生儿甲状腺功能。
